Wielka wojna z Krzyżykami kojarzy się z reguły z wiekopomną bitwą pod Grunwaldem z 1410 roku. Był to jeden z niewielu dużej rangi sukcesów Polski w tej wojnie.
Zakon Najświętszej Marii Panny Domu Niemieckiego w Jerozolimie powstał w 1190 roku. W 1198r. został przekształcony w zakon rycerski, którego celem była walka z innowiercami. Po wielu nieudanych próbach znalezienia ziemi, na której mogliby założyć państwo, w 1226 roku przybyli na Ziemię Chełmińską wezwani przez Konrada I Mazowieckiego, w celu obrony tej ziemi przed plemionami pruskimi. Krzyżacy uzyskali od papieża i cesarza niemieckiego potwierdzenie (poprzez sfałszowanie dokumentów) aktu nadania im Ziemi Chełmińskiej. Na ziemi tej i na zdobytych terytoriach Krzyżacy zakładali własne miasta, budowali fortyfikacje i zamki warowne. W roku 1309 wielki mistrz przeniósł stolicę zakonu z Wenecji do Malborka, który po rozbudowaniu i umocnieniu stał się jedną z najpotężniejszych budowli warownych w Europie.
Jednym z wielu powodów wypowiedzenia wojny Zakonowi było coraz bardziej zuchwałe zagarnianie północnych ziem Polski. Do pierwszej wojny doszło w 1309 roku. Po zajęciu Pomorza Gdańskiego przez Krzyżaków, rozpoczęła się długoletnia wojna polsko - krzyżacka, trwająca 213 lat przerywana wieloma akcjami dyplomatycznymi i procesami przed sądami papieskimi, podpisywanymi traktatami i ugodami. Ówczesny król polski Władysław I Łokietek był w tym czasie pochłonięty konfliktem z biskupem krakowskim i nie mógł przyjść z pomocą Pomorzu Gdańskiemu, które zostało napadnięte przez Branderburczyków. Poprosił o wsparcie znajdujących się najbliżej Krzyżaków. "Wybawiciele" po przegnaniu Branderburczyków sami zajęli ziemię i wymordowali rycerzy broniących Gdańska, jednocześnie zdobywając pozostałe grody: Tczew i Świecice. Władysław Łokietek miał zbyt słabe wojsko, aby mógł się przeciwstawić już wtedy potężnemu wrogowi.
W czasie starań o koronę złożył skargę u papieża na Zakon Najświętszej Marii Panny. Dzięki odpowiedniej propagandzie udało się doprowadzić do pierwszego procesu polsko - krzyżackiego przed tronem papieskim. Do ogłoszenia wyroku doszło w 1320r. w Inowrocławiu. Zakon miał zwrócić zagarnięte ziemie i zapłacić wysokie odszkodowanie. Krzyżacy mający przewagę militarną zlekceważyli decyzję sądu.
Kolejne działania militarne rozpoczęły się w 1326r., trwając do 1331 roku. W tym czasie spustoszyli Kujawy i Mazowsze, następnie zajęli Ziemię Dobrzyńską, a w 1331r. napadli, ze wsparciem wojsk czeskich , aby podzielić się zagarniętymi ziemiami polskimi.
Wojska krzyżackie nie zdołały zdobyć Kalisza i podczas ich odwrotu doszło do sławnej bitwy pod wsią Płowce (1331). Prowadzona przez Łokietka wojna podjazdowa uniemożliwiła połączenie z wojskami czeskimi. Po wyprawie odwetowej na Kujawy (rodzinne strony Łokietka), zawarto pokój, którego jednym z warunków było rozsądzenie konfliktu przez królów: czeskiego i węgierskiego.
Po śmierci Władysława I Łokietka tron polski objął Kazimierz III Wielki, bardzo zdolny dyplomata. Dzięki jego staraniom w roku 1335 doprowadził do zjazdu w Wyszehradzie, na którym byli obecni: król Węgier Karol Robert i król czeski Jan Luksemburski. Wydali wyrok, na mocy którego Krzyżacy mieli zwrócić Kujawy i Ziemię Dobrzyńską, a otrzymać Pomorze Gdańskie. Pokój w Kaliszu (1343) ostatecznie zakończył ten spór. Zakon oddał Polsce Ziemię Dobrzyńską i Kujawy, ale zatrzymał Pomorze Gdańskie jako "wieczystą jałmużnę".
Po zawarciu unii polsko - litewskiej, która miała za zadanie wzmocnienie sił Polski i Litwy - państw najbardziej zagrożonych ekspansją Krzyżowców z Jerozolimy, doszło do kolejnych konfliktów zbrojnych. Chrystianizacja Litwy, do której doszło bez pośrednictwa Krzyżaków stawiała pod znakiem zapytania istnienie i działalność Zakonu na Pomorzu. W tym czasie na tronie polskim zasiadł Władysław II Jagiełło. Bardzo napiętą sytuację potęgowały powstania antykrzyżackie na Żmudzi. Następna wojna była już tylko kwestią czasu. Sytuacja polityczna była sprzyjająca dla Zakonu, ponieważ zawarł on przymierze z Zygmuntem Luksemburskim królem Niemiec i Węgier.
Wojnę rozpoczęli Krzyżacy, w roku 1409, kolejnym zajęciem ziemi dobrzyńskiej. W tym czasie Jagiełło w wielkiej tajemnicy przygotowywał most pontonowy na Wiśle pod Czerwińskiem, przez który miały się przeprawić obie armie sprzymierzone: polska i litewska. Krzyżacy spodziewali się uderzenia w najbardziej ufortyfikowane miejsce: przeprawę przez Drwęcę pod Kurzętnikiem. Oddziały polsko-litewskie poszły na wschód, omijając Drwęcę i zdobywając kolejno zamek Dąbrówno a potem wsie Łodwigowo i Stębark.
Tam drogę Władysławowi II zastąpił wielki mistrz zakonu Ulryk von Jungingen ze swą doborową ciężkozbrojną jazdą.
Władysław II Jagiełło przyszykował swe wojsko do kolejnej bitwy. Lewe skrzydło stanowiły oddziały rycerstwa polskiego - ok. 14 tysięcy jazdy i kilka tysięcy piechoty. Prawe - pułki litewsko - pruskie: 10 tysięcy jazdy i trochępiechoty.
Władysław zwlekał z natarciem. Wówczas Mistrz Zakonu, chcąc obrazić i rozzłościć Króla, przysłał heroldów z dwoma nagimi mieczami, mającymi "dozbroić" polskie rycerstwo. Jednocześnie nieco cofnął swoje oddziały. Wtedy Jagiełło polecił księciu litewskiemu - Witoldowi uderzyć lekką jazdą na piechotę krzyżacką, pozostawioną chwilowo bez osłony. Okazało się, że strona krzyżacka zabezpieczyła się przed takim manewrem zamaskowanymi głębokimi rowami, w które powpadała jazda litewska. W odpowiedzi nastąpił atak jazdy krzyżackiej na skrzydło litewskie. Litwini nie zdołali wytrzymać bardzo silnego naporu doborowej ciężkiej jazdy krzyżackiej, w której szeregach walczyło wielu wspaniałych rycerzy z krajów sprzymierzonych z Zakonem. Wojska ks. Witolda musiały ustąpić i zaczęły uciekać z pola walki gonione przez przeciwników. Tylko trzy chorągwie smoleńskie zdołały się utrzymać na pozycjach. Otoczone, przebiły się przez szyki wroga w pobliże stanowiska dowodzenia Jagiełły. Na lewym skrzydle trwała natomiast zacięta walka. Ulrich von Jungingen zaczął tam kierować kolejne oddziały ciężkozbrojnej jazdy i opór polski stopniowo słabł. Oprócz tego zaczęły powracać oddziały, które były zajęte ściganiem litwinów. Część z nich została zaskoczona przez odwodowe siły polsko-litewskie i rozgromiona. Władysław Jagiełło wydał wówczas rozkaz, który miał na celu rozbicie prawego skrzydła krzyżackiego.
W odpowiedzi Jungingen uderzył na czele szesnastej chorągwi, ale Jagiełło przeciwstawił im "świeże" chorągwie polskie. Ten manewr miał decydujące znaczenie dla przebiegu całej bitwy. Hufce wielkiego mistrza straciły impet uderzeniowy, na który wybitny efekt liczył Wielki Mistrz. Niedługo potem wojsko krzyżackie zostało otoczone, a powracający Litwini dopełnili dzieła zwycięstwa. Wielki Mistrz zginął wraz z wieloma wybitnymi rycerzami z krajów zachodnich.
Straty krzyżackie wyniosły ok. 18 tys. zabitych, 14 tys. miało się dostać do niewoli, 1.5 tys. zdołało uciec z pogromu. Straty polsko - litewskie ocenia się jednak na znaczne, mimo tak druzgoczącego zwycięstwa.
Wydawało się, że państwo krzyżackie zostanie całkowicie pokonane. Niestety, wycofanie się z wojny księcia litewskiego, który obawiał się zbyt dużego wzrostu znaczenia Polski oraz niechęć do walki pospolitego ruszenia, zaprzepaściły szanse na zniknięcie państwa Zakonu Najświętszej Marii Panny z map Europy. Król musiał zrezygnować ze zdobycia Malborka. Po odstąpieniu wojsk polskich od obleganejtwierdzy Zakon podjął bardzo intensywne działania zmierzające do odzyskania utraconych miast i zamków. W toku dalszych działań wojennych Jagiełło odniósł zwycięstwo nad armią zakonną pod Koronowem, nad rzeką Brdą.
Wielka wojna zakończyła się pokojem w Toruniu, w 1411r., na mocy którego Polska odzyskała ziemię dobrzyńską a Litwa Żmudz, ale tylko na czas życia ks. Witolda i Władysława Jagiełły. Zakon zgodził się również na sąd polubowny w sprawie Santoka i Drezdenka, lecz mimo zawarcia pokoju walki wciąż trwały.
Następna wojna polsko - krzyżacka (1432) wywołana została interwencją zbrojną krzyżaków na Litwie. W czasie wojny domowej poparli Świdrygiłłę w walce przeciw bratu Witolda i jednocześnie napadli na Kujawy. W odwecie Polacy z wojskami czeskimi napadli i złupili Pomorze Krzyżackie, aż do Morza Bałtyckiego. Na Litwie zostali pokonani, 1 września 1435 roku, podczas bitwy pod Wiłkomierzem. Pod koniec grudnia, tego samego roku, Władysław III Warneńczyk zawarł pokój "wieczysty" w Brześciu. Miał on zagwarantować nienaruszalność granic obu stron.
W roku 1454 wybuchła wojna trzynastoletnia, w wyniku której wielki mistrz stał się lennikiem króla polskiego. Ostatni mistrzowie zakonu odmawiali jednak składania lenna, co spowodowało zaostrzenie konfliktów a w końcu wybuch kolejnej, już ostatniej wojny z Zakonem Krzyżaków (1519 - 1521). Nowy mistrz zakonu Albrecht Hohenzollern, mający w tym czasie poparcie cesarza i Brandenburgii, zażądał od Polski zwrotu wszystkich należących kiedyś do Zakonu ziem. Zygmunt I Stary, który dzierżył w tym czasie władzę w Polsce, uprzedził atak wrogów i rozpoczął wojnę z Zakonem. W czasie tej kampanii armia polska po raz pierwszy użyła artylerii na dużą skalę, dzięki której zdobyto ważne grody m.in. Kwidzyn.
Powstanie stanów pruskich przeciw krzyżakom w 1454 roku.
Pod naciskiem papieża Hadriana VI, Zygmunt Stary zgodził się na rozejm w roku 1521. Spór Polski z Zakonem Krzyżackim zakończył się ostatecznie w roku 1525. Albrecht Hohenzollern przyjął protestantyzm i przeprowadził sekularyzację zakonu. Prusy zakonne tzn. terytoria, które Krzyżacy otrzymali po pokoju toruńskim w 1466 przekształcone zostały w państwo świeckie nazywane odtąd Prusami Książęcymi. Albrecht Hohenzollern zawarł z Polską traktat w Krakowie, na mocy którego uznał się lennikiem Polski i 10 kwietnia 1525 roku, na rynku w Krakowie, złożył hołd Zygmuntowi Staremu jako dziedziczny książę Prus. Hołd ten znany jest dzisiaj pod nazwą Hołdupruskiego. Zobowiązał się też do udzielania Polsce pomocy zbrojnej oraz finansowej i otrzymał godność senatora
Polski. W ten sposób Zakon Krzyżacki Najświętszej Marii Panny Domu Niemieckiego z Jerozolimy przestał istnieć na ziemiach polskich.
W Inflantach państwo krzyżackie istniało do 1561, tj. do momentu sekularyzacji zakonu inflandzkiego i włączenia Inflant do Rzeczypospolitej. Obecnie zakon krzyżacki istnieje w zachodniej Europie (głównie w Austrii i Niemczech) jako organizacja charytatywna i duchowna z główną siedzibą w Wiedniu, nie mając żadnego wpływu na dzieje współczesnej Europy.