U schyłku XIII stulecia na południu Europy zaczęła narastać nieprzychylna atmosfera wokół zakonów krzyżowych, spowodowana ich nadmiernym bogactwem oraz coraz poważniejszymi wypaczeniami pierwotnych idei, dla których zostały one powołane. Ażeby uniknąć okrutnego losu Templariuszy, jaki dwa lata wcześniej zgotował im król Francji Filip Piękny, a także aby zapewnić sobie dalsze możliwości rozwoju 14 września 1309 roku wielki mistrz Siegfried von Feuchtwangen przeniósł centrum Państwa Krzyżackiego z Wenecji do Malborka. Spowodowało to konieczność jego rozbudowy, bowiem dotychczasowy zamek był zbyt skromny wobec przewidzianych dla niego funkcji.
na miejscu przedzamcza rozpoczęto wznoszenie Zamku Średniego z rezydencją, przekształconą pod koniec XIV wieku przez Konrada Zollnera von Rotenstein w reprezentacyjny Pałac Wielkich Mistrzów. Wcześniej, bo przypuszczalnie jeszcze w latach 40-ych powstał obronny mur, który połączył Zamek Średni z Wysokim, natomiast na północ od zespołu budynków, na obszernej terasie zalewowej Nogatu założono nowe przedzamcze.
Znajduje się on na południe od Wielkiego Refektarza znajduje się monumentalny Pałac Wielkich Mistrzów. Zbudowany jest na planie nieregularnego prostokąta, z trójskrzydłowa zabudową skupiona wokół obszernego dziedzińca. W naroża zamku wtopione są wieżyczki na rzucie kwadratu, występujące przed lico murów. Wysunięty kilkanaście metrów poza zewnętrzną elewację skrzydła gmach charakteryzuje się wyjątkowo bogatym zdobieniem, jego mury posiadają różnorodną fakturę, utworzoną przez kontrastowo ułożone ciosy kamienne, szare granitowe kolumienki i czerwone cegły. Powstały tutaj pałac- rezydencja wielkiego mistrza zawierał na głównej kondygnacji(którą było pierwsze piętro od strony dziedzińca) wspaniałe pomieszczenia reprezentacyjne: refektarze Letni i Zimowy, a jego część od strony Nogatu, uformowana w kształcie wieży obronnej, należy do najwybitniejszych osiągnięć europejskiego gotyku. Górne piętro pałacu zajęła rezydencja wielkiego mistrza z refektarzami. Poniżej znajdowały się pomieszczenia dla służby i straży, a na samym dole mieściły się piwnice.
Skrzydło północne oraz wschodnie Zamku Średniego zarządzane było przez wielkiego komtura, drugą po wielkim mistrzu figurę na zamku. Do jego zadań należała kontrola nad finansami podskarbiego i szafarza. Wielki komtur przyjmował również niektórych gości, w związku z czym w skrzydle wschodnim przygotowano dla nich pokoje (znajdowały się tam m.in. sale dla rycerzy przybywających z Zachodu w celu zbrojnego wsparcia Zakonu na czas wojen z Polską). Skrzydło północne realizowało obowiązki administracyjno-mieszkalne, zaś skrzydła południowego nie było wcale. Takie rozwiązanie umożliwiało obserwację z Zamku Wysokiego tego, co dzieje się na Zamku Średnim. Brak od owej strony umocnień i budynków stawiał też w trudnej sytuacji ewentualnych intruzów, chcących szturmem zdobywać Zamek Wysoki. W północno-zachodnim narożniku założenia mieściła się obszerna infirmeria, czyli szpital dla starych lub chorych braci zakonnych. Urządzony w skrzydle północnym przejazd bramny posiadał trzy zabezpieczenia. Pierwsze stanowił zwodzony most, drugim była brona oraz szyja bramna, a trzecim kolejna brona i strzelnica. Zamek Średni od północy i wschodu ubezpieczała dodatkowa linia muru, a całość otaczała fosa.
PLAN ZAMKU ŚREDNIEGO (PIERWSZE PIĘTRO):
1. REFEKTARZ LETNI, 2. REFEKTARZ ZNIMOWY, 3. KOMNATY KRÓLEWSKIE, 4. SIEŃ,
5. KAPLICA ŚW. KATARZYNY,
6. SYPIALNIA WIELKICH MISTRZÓW, 7. STRYCHY NAD WIELKIM REFEKTARZEM,
8. STRYCH NAD INFIRMERIĄ,
9. INFIRMERIA, 10. KOMNATY WIELKIEGO KOMTURA, 11. IZBY GOŚCINNE,
12. SANITARIATY