1 . Nakazano tworzyć seminaria duchowne (pierwsze powstało w diecezji Mediolańskiej, założył je Karol Boromeusz);

2. Rozpoczęto wizytacje biskupów w diecezjach;

3. Zasady o klauzurze zakonnej;

4. W 1542 roku papież Paweł III zreorganizował Inkwizycję. Powołał Kongregację Kardynalską Świętej Rzymskiej i Powszechnej Inkwizycji, które składało się z 6 kardynałów i miało nadzorować działalność sądów inkwizycyjnych w walce z reformacją.

(system śledczo-sądowniczy Kościoła katolickiego utworzony w celu wyszukiwania, nawracania i karania heretyków)

5. Potwierdzono obecność Chrystusa w Eucharystii na Mszy św. jako ofiary,

6. Potwierdzono znaczenie wszystkich siedmiu sakramentów,

7. Potępiono predestynację

8. Podtrzymano koncepcję wolnej woli, zdolnej samodzielnie wybrać dobro,

9. Potępiono indywidualne interpretowanie Pisma Św.,

10. Uznano Biblię i Tradycję Kościoła za równoważne źródła wiary,

11. Zakazano kumulacji beneficjów (dożywotnie prawo czerpania dochodów związanych z piastowaniem określonego urzędu),

12. Zakazano nepotyzmu ( obsadzania stanowisk kościelnych przez krewnych kleru),

13. Wprowadzono księgi metrykalne (rejestrowano śluby, chrzty, pogrzeby),

14. Stopniowo wprowadzano języki narodowe w czytaniach, lecz modlitwy pozostały odmawiane po łacinie,

15. Potępiono nauki Lutra,

16. Ujednolicono liturgię,

17. Zobowiązano biskupów do przebywania w diecezjach, proboszczów do przebywania w parafiach, zakazano kumulacji stanowisk kościelnych.

18. W 1559 ogłoszony został Indeks ksiąg zakazanych

Zmianom zapoczątkowanym przez Sobór Trydencki towarzyszył wewnętrzny ruch naprawy i odnowy Kościoła. Zmiany te trwały blisko dwa stulecia i obejmowały stopniowo biskupów, księży, zakonników, a także poszczególnych władców i ludność krajów.