Laboratorium Bioinformatyki
Temat: Bioinformatyczne bazy danych
Prowadzący: Aleksandra Gruca
Email: [e-mail]
Pokój: 412
Wprowadzenie:
1. Zapoznanie się z serwisem ExPASy http://www.expasy.ch
2. Zapoznanie się z narzędziem BLAST http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
3. Schemat powstawania białek:
a. DNA -> RNA (Transkrypcja)
b. RNA -> białko (Translacja)
c. 1D->2D->3D (Zwijanie się z białka do struktury przestrzennej)
Zadanie I.
1. Pobierz sekwencje nukleotydów w formacie FASTA dostępną w bazie NCBI pod
linkiem: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?
val=94967031&from=33&to=1418&view=gbwithparts
2. Znajdz
w serwisie ExPASy narzędzie do translacji sekwencji nukleotydów na
sekwencje aminokwasów i zastosuj je do poznania sekwencji pierwszorzędowej białka
kodowanego przez powyższy gen.
3. Odpowiedz na pytanie, dlaczego w wyniku stosowania niektórych narzędzi do
translacji DNA-> białko otrzymujemy w wyniku 6 a nie 1 sekwencji aminokwasów.
4. Stosując narzędzie BLAST znajdz
podobne białka w bazie PDB. Zwróć uwagę na
parametry programu BLAST.
Zadanie II.
Podaj pochodzenie sekwencji DNA dinozaura opublikowanej w książce "Jurassic Park"
Dino.txt
>DinoDNA "Dinosaur DNA" from Crichton's JURASSIC PARK p. 103 nt 1-1200
GCGTTGCTGGCGTTTTTCCATAGGCTCCGCCCCCCTGACGAGCATCACAAAAATCGACGC
GGTGGCGAAACCCGACAGGACTATAAAGATACCAGGCGTTTCCCCCTGGAAGCTCCCTCG
TGTTCCGACCCTGCCGCTTACCGGATACCTGTCCGCCTTTCTCCCTTCGGGAAGCGTGGC
TGCTCACGCTGTACCTATCTCAGTTCGGTGTAGGTCGTTCGCTCCAAGCTGGGCTGTGTG
CCGTTCAGCCCGACCGCTGCGCCTTATCCGGTAACTATCGTCTTGAGTCCAACCCGGTAA
AGTAGGACAGGTGCCGGCAGCGCTCTGGGTCATTTTCGGCGAGGACCGCTTTCGCTGGAG
ATCGGCCTGTCGCTTGCGGTATTCGGAATCTTGCACGCCCTCGCTCAAGCCTTCGTCACT
CCAAACGTTTCGGCGAGAAGCAGGCCATTATCGCCGGCATGGCGGCCGACGCGCTGGGCT
GGCGTTCGCGACGCGAGGCTGGATGGCCTTCCCCATTATGATTCTTCTCGCTTCCGGCGG
CCCGCGTTGCAGGCCATGCTGTCCAGGCAGGTAGATGACGACCATCAGGGACAGCTTCAA
CGGCTCTTACCAGCCTAACTTCGATCACTGGACCGCTGATCGTCACGGCGATTTATGCCG
CACATGGACGCGTTGCTGGCGTTTTTCCATAGGCTCCGCCCCCCTGACGAGCATCACAAA
CAAGTCAGAGGTGGCGAAACCCGACAGGACTATAAAGATACCAGGCGTTTCCCCCTGGAA
GCGCTCTCCTGTTCCGACCCTGCCGCTTACCGGATACCTGTCCGCCTTTCTCCCTTCGGG
CTTTCTCAATGCTCACGCTGTAGGTATCTCAGTTCGGTGTAGGTCGTTCGCTCCAAGCTG
ACGAACCCCCCGTTCAGCCCGACCGCTGCGCCTTATCCGGTAACTATCGTCTTGAGTCCA
ACACGACTTAACGGGTTGGCATGGATTGTAGGCGCCGCCCTATACCTTGTCTGCCTCCCC
GCGGTGCATGGAGCCGGGCCACCTCGACCTGAATGGAAGCCGGCGGCACCTCGCTAACGG
CCAAGAATTGGAGCCAATCAATTCTTGCGGAGAACTGTGAATGCGCAAACCAACCCTTGG
CCATCGCGTCCGCCATCTCCAGCAGCCGCACGCGGCGCATCTCGGGCAGCGTTGGGTCCT
Zadanie III.
1. Podaj pochodzenie sekwencji DNA  poprawionego dinozaura opublikowanej w
książce "Jurassic Park. The Lost World"
Dino2.txt
>DinoDNA "Dinosaur DNA" from Crichton's THE LOST WORLD p. 135
GAATTCCGGAAGCGAGCAAGAGATAAGTCCTGGCATCAGATACAGTTGGAGATAAGGACG
GACGTGTGGCAGCTCCCGCAGAGGATTCACTGGAAGTGCATTACCTATCCCATGGGAGCC
ATGGAGTTCGTGGCGCTGGGGGGGCCGGATGCGGGCTCCCCCACTCCGTTCCCTGATGAA
GCCGGAGCCTTCCTGGGGCTGGGGGGGGGCGAGAGGACGGAGGCGGGGGGGCTGCTGGCC
TCCTACCCCCCCTCAGGCCGCGTGTCCCTGGTGCCGTGGGCAGACACGGGTACTTTGGGG
ACCCCCCAGTGGGTGCCGCCCGCCACCCAAATGGAGCCCCCCCACTACCTGGAGCTGCTG
CAACCCCCCCGGGGCAGCCCCCCCCATCCCTCCTCCGGGCCCCTACTGCCACTCAGCAGC
GGGCCCCCACCCTGCGAGGCCCGTGAGTGCGTCATGGCCAGGAAGAACTGCGGAGCGACG
GCAACGCCGCTGTGGCGCCGGGACGGCACCGGGCATTACCTGTGCAACTGGGCCTCAGCC
TGCGGGCTCTACCACCGCCTCAACGGCCAGAACCGCCCGCTCATCCGCCCCAAAAAGCGC
CTGCTGGTGAGTAAGCGCGCAGGCACAGTGTGCAGCCACGAGCGTGAAAACTGCCAGACA
TCCACCACCACTCTGTGGCGTCGCAGCCCCATGGGGGACCCCGTCTGCAACAACATTCAC
GCCTGCGGCCTCTACTACAAACTGCACCAAGTGAACCGCCCCCTCACGATGCGCAAAGAC
GGAATCCAAACCCGAAACCGCAAAGTTTCCTCCAAGGGTAAAAAGCGGCGCCCCCCGGGG
GGGGGAAACCCCTCCGCCACCGCGGGAGGGGGCGCTCCTATGGGGGGAGGGGGGGACCCC
TCTATGCCCCCCCCGCCGCCCCCCCCGGCCGCCGCCCCCCCTCAAAGCGACGCTCTGTAC
GCTCTCGGCCCCGTGGTCCTTTCGGGCCATTTTCTGCCCTTTGGAAACTCCGGAGGGTTT
TTTGGGGGGGGGGCGGGGGGTTACACGGCCCCCCCGGGGCTGAGCCCGCAGATTTAAATA
ATAACTCTGACGTGGGCAAGTGGGCCTTGCTGAGAAGACAGTGTAACATAATAATTTGCA
CCTCGGCAATTGCAGAGGGTCGATCTCCACTTTGGACACAACAGGGCTACTCGGTAGGAC
CAGATAAGCACTTTGCTCCCTGGACTGAAAAAGAAAGGATTTATCTGTTTGCTTCTTGCT
GACAAATCCCTGTGAAAGGTAAAAGTCGGACACAGCAATCGATTATTTCTCGCCTGTGTG
AAATTACTGTGAATATTGTAAATATATATATATATATATATATATCTGTATAGAACAGCC
TCGGAGGCGGCATGGACCCAGCGTAGATCATGCTGGATTTGTACTGCCGGAATTC
2. Znajdz
w sekwencji zaszyfrowaną przez autora (Marka Bogulskiego z NCBI)
wiadomość.
Zadanie IV  struktury
Wykorzystaj bazę Enterez do znalezienia danych związanych z VH-1 ludzką fosfatazą
(1VHR). Zobacz jak wygląda struktura cząsteczki. Do wyboru program Cn3D lub RasMol. Ile
łańcuchów znajduje się w asymetrycznej jednostce tej struktury krystalicznej. Ile alfa helis
oraz beta kartek znajduje się w każdej podjednostce.
Znajdz
wszystkie struktury podobne do łańcucha 1VHR (za pomocą narzędzia VAST). Jak
bardzo podoba jest struktura fosfatazy pochodząca z organizmu bakterii Yersina do łańcucha
1VHR_A? Porównaj za pomocą programu Cn3D uliniowienie pomiędzy obydwiema
sekwencjami, wyświetl uliniowione łańcuchy. Co możesz zaobserwować?
Zaliczenie:
Na zaliczenie laboratorium wymagane jest opracowanie raportu w formie BLOG-a
podsumowującego wiedzę zdobytą podczas laboratorium. Raport musi zawierać
rozwiązania zadań podanych powyżej. Raport musi zostać zamieszczony on-line w
serwisie Library w postaci bloga.
Linki do raportów proszę przesyłać na adres: [e-mail] mailem
zawierającym:
- w temacie: [Bioinfo_lab_II_nazwisko1_ nazwisko_2]
- w treści: imię, nazwisko i grupę zaliczającego oraz link do raportu.
Termin: 16.11.2009