Laboratorium Bioinformatyki
Temat: Bioinformatyczne zasoby internetowe
Prowadzący: Aleksandra Gruca
Email: [e-mail]
Pokój: 412
Plan laboratorium:
1. Zapoznanie się z serwisem Library (http://lib.bioinfo.pl)
- Załóż konto.
2. Zapoznanie się z bazą NCBI ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov )
a. Pubmed (http://www.pubmed.gov/)
- Wyszukaj publikacje dotyczące  krwawienia z nosa (ang. nosebleed).
Wyszukiwania rozszerz o medyczny termin tej dolegliwości (baza MeSH).
- W jednym zapytaniu znajdz
publikacje opublikowane w czasopiśmie
Chemotherapy z przynajmniej jednym współautorem o nazwisku Cancer.
b. Bazy genów i białek
- Podaj definicję formatu FASTA.
- Znajdz
gen kodujący ludzką hemoglobinę, podaj sekwencje nukleotydów w
formacie FASTA.
- Znajdz
sekwencje aminokwasów hemoglobiny, podaj sekwencje aminokwasów
w formacie FASTA.
c. Zasoby dostępne przez FTP
- Znajdz
kompletny genom bakterii Escherichia Coli (dowolny szczep). Podaj
link pozwalający ściągnąć cały genom.
d. BLAST
3. Zapoznanie się z bazą PDB ( http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do)
- Znajdz
rozwiązaną strukturę przestrzenną proteazy wirusa HIV-1.
- Podaj jej strukturę drugorzędową.
- Podaj publikację opisującą znalezioną strukturę.
- Zaprezentuj strukturę trzeciorzędową znalezionej proteazy, najlepiej za pomocą narzędzia
PyMol (http://pymol.sourceforge.net )
4. Zapoznanie się z bazą SwissProt (http://www.expasy.org/sprot/)
- Znajdz
dowolne białko z eksperymentalnie zweryfikowanym polipeptydem sygnałowym
(ang. signal peptide).
Zaliczenie:
Na zaliczenie laboratorium wymagane jest opracowanie raportu podsumowującego wiedzę
zdobytą podczas laboratorium. Raport musi zawierać rozwiązania zadań podanych powyżej.
Raport musi zostać zamieszczony on-line w serwisie Library w formie draftu raportu.
Linki do raportów proszę przesyłać na adres: [e-mail] mailem
zawierającym:
- w temacie: [Bioinfo_nazwisko1_nazwisko2]
- w treści: imię, nazwisko i grupę zaliczającego oraz link do raportu.
Termin: 02.11.2008