RYS. Mechanizm działania oksydazy cytochromowej. Cykl rozpoczyna się, gdy wszystkie grupy prostetyczne enzymu są w formie utlenionej (kolor niebieski). Zredukowany cytochrom c wprowadza elektron, który redukuje CuB. Następnie druga cząsteczka zredukowanego cytochromu c redukuje \elazo w hemie a3; Fe2+ wią\e wtedy tlen. Do związanego tlenu zostają przeniesione dwa elektrony i powstaje nadtlenek, który tworzy mostek między \elazem a CuB. Wprowadzenie następnego elektronu przez trzecią cząsteczkę zredukowanego cytochromu c powoduje zerwanie wiązania 0-0 i pobranie protonu z matriks. Wprowadzenie ostatniego elektronu i dodatkowych trzech protonów prowadzi do utworzenia dwóch cząsteczek H20; ich odłączenie od enzymu powoduje jego powrót do stanu początkowego. Cztery protony znajdujące się w cząsteczkach wody pochodzą z matriks. Sumaryczne przedstawienie tej reakcji: 4 cyt czred + 4 H+matriks + O2 4 cyt cutl + 2H2O
Cały proces katalizowany przez oksydazę cytochromu c przebiega następująco: + +