Wykład 2
Organizacja jÄ…dra
komórkowego  pory jądrowe,
transport jÄ…drowy
Pochodzenie komórki eukariotycznej
?
Jak powstało jądro komórkowe, retikulum endoplazmatyczne, cytoszkielet,
mitochondria i chloroplasty i jaka była kolejność powstawania tych organelli?
Jak powstało jądro komórkowe?
Gram +
eubakteria
Inwaginacje błon
Eukariont bez
mitochondriów
Archebakteria
Gram +
eubakteria
Tworzenie endospory Eukariont bez
mitochondriów
Pochłonięcie
archebakterii
Archebakteria
Jak powstało jądro komórkowe?
Eukariont jako wynik partnerstwa bakterii i
archebakterii: hipoteza  chimery
Gram +
eubakteria
" Fagotrofia
Inwaginacje błon
Eukariont bez
" Fuzja
mitochondriów
Archebakteria
Gram +
" Symbioza: syntrofia metaboliczna
eubakteria
Eukariont bez
Gram +
Pochłonięcie
mitochondriów
eubakteria
archebakterii
Archebakteria
Struktura jądra komórkowego
Matriks jądrowa - jądro komórkowe
Nukleoplazma
pozbawione chromatyny
Heterochromatyna
Euchromatyna
JÄ…derko
Otoczka jÄ…drowa
Błona wewnętrzna
Blaszka jÄ…drowa
otoczki jÄ…drowej
Błona zewnętrzna
otoczki jÄ…drowej
Przestrzeń
okołojądrowa
Otoczka jądrowa ma ciągłość z retikulum
endoplazmatycznym oraz zawiera liczne pory
Chromatyna JÄ…derko
Zewnętrzna warstwa
Wewnetrzna
otoczki jadrowej
warstwa
Retikulum
endoplazmatyczne
Wnętrze retikulum
Por jÄ…drowy
endoplazmatycznego
Rybosom Otoczka jÄ…drowa
Funkcje otoczki i kompleksów
porowych
" Ochrona materiału genetycznego
" Selektywna bariera pozwalajÄ…ca na regulacjÄ™
procesów zachodzących w jądrze komórkowym
(replikacja, ekspresja genów)
" Dwukierunkowy transport jÄ…drowo-cytoplazmatyczny
" Przez kompleksy porowe transportowane są białka,
RNA, rybonukleinoproteiny
Otwarta i zamknięta mitoza
Otwarta mitoza
Zamknięta mitoza
Powierzchnia otoczki jÄ…drowej od
strony cytoplazmatycznej
" Drożdże: 200 porów na
jÄ…dro
" Komórki ludzkie: 2000
do 5000 porów na jądro
" Oocyty Xenopus: 20 mln
na jÄ…dro
" Rozmieszczenie porów
nie jest równomierne
Mikroskopia sił atomowych
Zdjęcia kompleksów porowych
Strona cytoplazmatyczna Strona cytoplazmatyczna Strona jÄ…drowa
Strona cytoplazmatyczna Strona jÄ…drowa
Model kompleksu porowego
(rok 1993)
Cytoplazma
Filament cytoplazmatyczny
Centralna zatyczka
Błona zewnętrzna
Pierścień cytoplazmatyczny
Centralny szkielet
Szprycha
Błona wewnętrzna
Pierścień jądrowy
Otoczka
jÄ…drowa
Koszyk jÄ…drowy
Pierścień dystalny
JÄ…dro
Istnieje kilka modeli kompleksów
porowych
Centralna zatyczka jest strukturÄ… labilnÄ…,
która reprezentuje albo transportowane
kargo albo wsunięty koszyk jądrowy
45% porów zatkanych
12% porów zatkanych
Trójwymiarowy model poru jądrowego na podstawie krio-
elektronowej trójwymiarowej tomografii (rok 2003)
Filament cytoplazmatyczny
Kanał boczny
Pierścień cytoplazmatyczny
Błona zewnętrzna
Centralny szkielet
Błona wewnętrzna
Pierścień jądrowy
Koszyk jÄ…drowy
90 nm  długość części centr.
50-70 nm  średnica części centr.
Pierścień dystalny
50 nm  dł. filamentów cyt.
70 nm  dł. koszyka jądrowego
Filament jÄ…drowy
Wnętrze poru jądrowego wypełnione jest prawdopodobnie
siecią/meszkiem zbudowaną z ruchliwych domen FG, które nie
tworzą struktur drugorzędowych
Kompleks porowy zbudowany jest
z nukleoporyn (Nup)
" Por jądrowy składa się z 30 białek zwanych nukleoporynami (Nup), które
występują w wielu kopiach (w sumie 456 białek na jeden por jądrowy)
" Wyróżniamy 3 rodziny nukleoporyn:
1) Nukleoporyny transmembranowe (TM) zbudowane z alfa helis zakotwiczone w
błonie jądrowej; występują w centralnym szkielecie
2) Nukleoporyny niezawierające motywy FG; w tej grupie są białka zawierające
domeny beta-śmigła i solenoidy alfa występujące w centralnym szkielecie
3) Nukleoporyny zawierajÄ… charakterystyczne powtarzajÄ…ce siÄ™ motywy FG
(FXFG, GLFG lub FG, gdzie F-fenyloalanina, G-glicyna, L-leucyna, X-dowolny
aminokwas); występują we wszystkich częściach kompleksu porowego
" Większość nukleoporyn rozmieszczona jest symetrycznie, nieliczne występują
tylko stronie cytoplazmatycznej lub jÄ…drowej
Beta-śmigło Alfa-solenoid
Budowa szkieletu centralnego
kompleksu porowego
Kotwice
PÅ‚aszcz
Adaptory
Kanał
Białka płaszcza szkieletu centralnego i białka zaginające błony
(tworzenie pęcherzyków) mają wspólne pochodzenie i pierwotne
białka z tej grupy mogły przyczynić się do powstania
kompartmentów błonowych
Filamenty cytoplazmatyczne i
koszyk jÄ…drowy zbudowane sÄ…
głównie z nukleoporyn FG
Mobilność nukleoporyny Nup153
N-koniec Palec cynkowy FG FG FG FG
Transport cytoplazmatyczno-jÄ…drowy
" Kompleksy porowe pozwalają na pasywną dyfuzję jonów i małych neutralnych
molekuł do 40 kDa zgodnie z gradientem stężeń
" Selektywny (zależny od specjalnych sygnałów) transport:
- do jądra: białek (uczestniczących w transkrypcji, replikacji, splicingu, naprawie
DNA)
- z jądra: RNA (mRNA, tRNA, rRNA i snRNA) głównie w postaci kompleksów z
białkami (RNP, rybonukleoproteiny)
- w obu kierunkach (białka regulatorowe, snRNA).
" Transport jest bardzo szybki i intensywny: około 100 MDa na sekundę może być
transportowane przez jeden por; obliczono, że może się odbywać 1000 translokacji
na sekundÄ™ przez jeden por jÄ…drowy
Sygnały transportu cytoplazmatyczno-
jÄ…drowego
Białka selektywnie transportowane prze kompleks poru jądrowego zawierają
w swojej strukturze sekwencję sygnałową, która określa kierunek
transportu:
 białka transportowane z cytoplazmy do jądra komórkowego mają
sekwencję sygnałową o nazwie sygnał lokalizacji jądrowej NLS (ang.
Nuclear Localization Signal); zidentyfikowano dwa typy klasycznych
sygnałów NLS bogatych w reszty lizyny: typ I (PKKKRKV) oraz typ
II (VKRX10KKKKLD); sygnałem kierującym małe rybonukleoproteiny
jÄ…drowe (U snRNP) jest reszta trimetyloguanozyny zwana kapem na
końcu 5 U snRNA;
 białka transportowane z jądra do cytoplazmy mają sekwencję
sygnałową o nazwie sygnał jądrowego eksportu NES (ang. Nuclear
Export Signal); większość sygnałów NES to krótkie sekwencje (8-11
reszt) bogate w leucynÄ™.
Fazy transportu cytoplazmatyczno-jÄ…drowego
1. rozpoznanie i wiązanie transportowanej molekuły (kargo) przez receptora
transportu i połączenie utworzonego kompleksu kargo-receptor z
nukleoporynami poru jÄ…drowego
2. translokacja kompleksu kargo-receptor przez kanał centralny poru dzięki
interakcjom receptora transportu z powtórzeniami FG w nukleoporynach
3. dysocjacja kompleksu kargo-receptor, której efektem jest uwolnienie
transportowanego kargo
Główne składniki transportu jądrowego
 receptory transportu: karioferyny (Kaps); importyny i
eksportyny
 nukleoporyny FG
 białko RanGTP(GDP)
Kompleks importyna alfa/beta
Receptory transportu cytoplazmatyczno-
jÄ…drowego
Receptor Kargo
Import:
heterodimer importyna alfa i beta białka z klasycznymi NLS
importyna beta snRNA U1, U2, U4, U5
białko NTF2 RanGDP
Eksport:
eksportyna 1 (Crm1, Expo1) białka z sekwencją NES
eksportyna 2 (CAS, CSE1) importyna Ä…lfa
eksportyna t tRNA
eksportyna 5 miRNA
eksportyna Tap/Nxf1 mRNA
Export RNA z jÄ…dra do cytoplazmy
Białko Ran
" Pełni istotną rolę w regulacji oddziaływań między receptorami transportu a białkami
transportowanymi
" Białko o masie 26 kDa z rodziny białek G, wiążących GTP
" SkÅ‚ada siÄ™ z szeÅ›ciu harmonijek ² otoczonych piÄ™cioma helisami Ä… poÅ‚Ä…czonymi pÄ™tlami
" Charakterystyczny jest długi C-końcowy koniec, który oddziaływuje z receptorami transportu
" W zależności od tego czy z białkiem Ran jest związany GTP czy GDP, zmienia się konformacja
przestrzenna pętli I i II oraz C-końca, co wpływa na siłę interakcji białka Ran z kompleksami
kargo-receptor transportu
Mechanizm importu jÄ…drowego
eksportyna
Mechanizm eksportu jÄ…drowego
J
DRO
NES
NES
Cykl RanGTP/GDP
RCC1=RanGEF
Regulacja transportu cytoplazmatyczno-
jÄ…drowego przez maskowanie molekularne
Mechanizm translokacji przez NPC
1. Model gradientu powinowactwa
Mechanizm translokacji przez NPC
2. Ukierunkowywane
ruchy Browna
3. Selektywna faza
4.  TÅ‚uste spaghetti
Niekanoniczne funkcje jądrowych kompleksów porowych  biorą udział w
sumoilacji i desumoilacji białek związanych z hnRNA, naprawą DNA,
replikacją DNA, lokalizacją i represją telomerów