Jakie zmiany w prawodawstwie wprowadził Musharraf po 1999
Na początku odwołał z funkcji wyższego dowództwa armii 3 najbardziej religijne osoby i zastąpił je podzielającymi jego modernistyczne poglądy. Po11 wrzśnia 2001 wygrał próbę sił przeciwko sprzyjającym Taliom duchownym ,którzy organizowali przeciwko niemu protesty.
12 stycznia 2001 wygłosił mowę, w której obwieścił zakaz działania dwóch organizacja militarnych stacjonujących stacjonujących Pakistanie ,JAISH E-MUHAMMD
i LASKA-E-TOIBA. Decyzję w uderzenie w Jaish argumentował fakt, ze 1.10.2001 zamachowiec samobójca zabił siebie i 38 innych ludzi wjeżdżając ciezarówką pełną materiałów wybuchowych ścianę parlamentu w Śingarze. Wydarzenie to nastąpiło szybko po 11 wrzśnia dlatego też zostało uznane za akt terroru. Partia ta stawiała islam w centrum swojej ieologii . Oblewali twarze kobiet kwasem ,gdy te nie zasłaniały twarzy. Musharraf zaaresztował tysiące radykalnych islamistów .Zakazał działalności innym organizacjom ,które posuwały się do przemocy m.in. SSP i TJP. Wprowadził przepisy kontrolujące wznoszenie meczetów, a dla już istniejących określił ograniczenia korzystania z głośników.
Stwierdził ,ze skoro starczylo mu siły na dokananie takich działań to zniesie systemy osobnych okręgów wyborczych, które wprowadził ZIA UL-HAQ. Wybory te polegały na tym ,że muzułmanie gołowsowalo na muzułmanów ,chrześcijanie na chrzescijanów.
W 2000r. ogłosił przygotowania do pierwszych wyborów lokalnych. Wielu przeciwników poprzedniego systemu wierzyło w działania generała Musharrafa ,jednak kiedy miało dojś do jego poczynań wycofał się ,gdyż bał się sprzeciwu islamistów. Po 11 września powrócił powrotem do swojego działania stworzenia nowego systemu wyborów .Radykałowie było zbulwersowani jednak w tym momencie za mało silni ,aby podjąc jakiekolwiek działania.
Musharraf wyraził także swoją determinację jeśli chodzi o działania medres, odgrywających ważną rolę w podsycaniu islmskeigo ruchu. Przed atakami na WTC rząd wysłał do wszystkich medres formularze ,aby zebrac informacje dotyczące ich działania, organizacji ,informacji o studentach. Musharraf nie otrzymał jednak tych informacji od wszystkich. Po zamachach 11 wrzesnia podjął dalsze działania jeśli chodzi i działania medres. Prowadzącym duchownych nakazał odesłania zagranicznych uczniów ,któzy nie posiadają pozwolenia od kraju ,z którego się wywodzą , na taką naukę. Obok przedmiotów tradycyjnych kazał wprowadzic obowiązkową naukę angielskiego ,nauk ścisłych i wiedzy
o Pakistanie. Stworzył system komputerowy ,w którym znajdowały się dane na temat studentów, rejestracja medres itd. USA przekazało na ten plan kilka mln dolarów .