Pytania z bimolki, które miałam na swojej indywidualnej poprawie, koło nr 2 (i z 1 terminu; oczywiście pomieszane)

(nie pamiętam wszystkiego i na pewno nie wymienię ci wszystkich możliwości)

1. Coś w stylu biochemiczki Kasi;)
   w operonie tryptofanowym [to ten gdzie jest atenuator, i transkrypcja sprzężona z translacją; w odcinku liderowym są 4 rejony…] wprowadzili gen represora laktozowego, ale dodatkowo samoistnie zaszła mutacja uniemożliwiająca parowanie rejonu 3 z 4 odcinka liderowego [jak się tak sparuje, to sygnał ten jest oznaką zakończenia transkrypcji]
   odpowiedzi dotyczą tego co się będzie działo w (nie)obecności IPTG i tryptofanu. (wszystkie możliwe kombinacje).

2. Kolejne zad z mutacjami, tym razem jest operon laktozowy (żeby było śmieszniej wprowadzili jeszcze operon plazmidowy, czyli organizmy są diploidalne), no i są dwa organizmy, z kopią genomową i plazmidową. Mutacje wprowadzali na:
   a)i [to ten gen, który koduje represor],np. nie wiązał induktora[= jak związal się w operatorem, to oznacza, że transkrypcja się nie odbędzie]; że nie wiązał się z odcinkiem operatorowym [=mutant konstytutywny, czyli taki co przeprowadza syntezę RNA niezależnie od stężenia induktora];
   b) operatorze, nie wiązał represora
   c)promotorze (?? Chyba takie to było), że się polimeraza nie może wiązać
   i teraz pytanie, to czy transkrypcja będzie zachodzić, czy zależy od stężenia tryptofanu, induktora, itp…

3. Pytanie o splicing
   że były chyba 4 bufory
   1. Bufor +ekstrakt jądrowy
   2. Bufor+ coś (chyba cytoplazma)
   3. Bufor+ ekstrakt z całej komórki

4. bufor + samo RNA
teraz pytanie do tego, że splicing zaszedł w probówce 1 i 3 no i odpowiedzi
a) biochemiczka Ola na pewno coś „spieprzyła”

b)to splicing autokatalityczny (nie pamiętam, czy były napisane jakiego typu czy 1 czy 2)

c) to splicing splicesomowy

…

1. Pytanie o splicing autokatalityczny typu 1
   a) że kieszeń

b)grupa atakująca to GTP, GMP, GDP

…

1. Pytanie o receptory hormonów steroidowych
   a) że dwie domeny mają [jedna wiąże DNA, druga ligand]
   b) że domena wiążąca DNA ma dwa moduły cynkowe
   c) jak większość receptorów są monomerami
   d) że domena wiążąca DNA może się wiązać dzięki HTH
   …

2. Pytanie o translacje
   a) że wiązanie aminokwasów jest niekorzystne termodynamicznie i wymaga hydrolizy ATP (i to jest prawda, bo nie skumałam i zapytałam, czy chodzi o hydrolizę w rybosomie [a taka nie następuje] czy o hydrolizę w ogóle, [bo syntetaza aminoacylo-tRNA jak aktywuje aminokwasy to przeprowadza hydrolizę ATP])
   b) że syntetaza aminoacylo-tRNA przeprowadzając aktywację aminokwasów tworzy produkt pośredni (nie pamiętam, czy to był aminoacyloadenylan) hydrolizując ATP z wytworzeniem pirofosforanu.
   c) u prokariotów transkrypcja sprzężona z translacją, a u eukariontów nie (raz miałam odwrotne pyt)
   d) dodawane aminokwasy do C/N końca

…

1. tRNA
   a) ma 5 rejonów heliakalnych, które układają się w kształt litery U
   b) na końcu 3’ ma ACC
   c) około połowa nukleotydów jest sparowana
   d) na jednym końcu 3’ramię akceptorowe, a na 5’ pętla antykodonowa

2. Zasada tolerancji
   a) antykodon zgodnie z tą zasada może rozpoznawać więcej niż jeden kodon
   (a może to było że jeden kodon może być rozpoznawany przez więcej niż jeden antykodon)
   b) antykodon UGC może rozpoznawać więcej niż jeden kodon
   c)antykodon IGC może rozpoznawać i tu były sekwencje 6 kodonów(chyba ze dwie takie podobne odp, ze więcej niż 3 kodony)
   d) antykodon IGC może rozpoznawać sekwencje XCG(tu chyba były trzy kodony
   e) antykodon IGC może parować z kodonem GCX (X=U,C,A)

3. Budowa rybosomu E.coli
   szczegółowa budowa, stałe sedymentacji całego rybosomu i poszczególnych podjednostek, też rRNA; trzeba wiedzieć jakie rRNA w jakiej podjednostce, ale nie trzeba wiedzieć ile białek.

4. Fag lambda
   a) w fazie lizogenicznej DNA faga nazywa się famigiem (?jakos tak)
   b) w fazie lizygenicznej ekspresji podlega tylko gen cI (kodujący represor)
   c) ponieważ represor lambda przyłącza się do OR1 nie może transkrybować się gen kodujący białko N.
   d) cro przyłączając się do OR1(OR3) blokuje syntezę represora
   e) aby fag przeszedł w fazę lityczną musi dojść do uszkodzenia DNA ….

f)w fazie lizygenicznej DNA faga nazywa się profagiem

1. Histony
   a. na rdzeń nawiniete około 145 pz
   b. 4 typy tworzą rdzeń H2, H3A, H3B, H4

2. N końcowe reszty histonów
   a. mogą być acetylowane, metylowane, ubikwitowane i …

3. Syntetazy aminoacylo-tRNA

a)wszystkie rozpoznają substraty na podstawie antykodonu
b) wszystkie mają aktywność korygującą
c)aktywność korygująca pozwala na usunięcie z syntetazy treonylowej serynę.

d) aktywność korygująca polega na usunięciu aminokwasu, który jest mniejszy niż prawidłowy