Mięso zwierząt świeżo ubitych najczęściej nie jest całkowicie jałowe. Stopień zanie-czyszczenia mięsa zależy od:
• stanu zdrowia zwierzęcia,
• warunków w jakich znajdowało się ono bezpośrednio przed ubojem,
• warunków higienicznych uboju,
• rozbiórki tuszy,
• transportu,
• magazynowania.

Zanieczyszczenie mięsa i jego przetworów bakteriami chorobotwórczymi dla ludzi może być pierwotne, jeśli zwierzę rzeźne już za życia było zakażone, lub wtórne, jeżeli bakte-rie te dostaną się do mięsa już po uboju, np. od ludzi, gryzoni, much lub przez zanieczyszcze-nie ziemią, kałem itp.

Największe znaczenie ma możliwość obecności w mięśniach i narządach zwierząt bakterii powodujących zatrucia pokarmowe. Spośród nich najistotniejsze są pałeczki z rodza-ju Salmonella ze względu na stopień ich rozpowszechnienia. Pałeczki te mogą znajdować się zarówno w mięśniach, jak i węzłach chłonnych oraz wątrobie. W Polsce spotyka się najczę-ściej pałeczki Salmonella enteritidis, Salmonella typhimurium, Salmonella dublin i Salmonel-la choleraesuis.

W przetworach mięsnych poddanych uprzednio obróbce termicznej pałeczki Salmo-nella, wprowadzane jako wtórne zanieczyszczenia, rozmnażają się znacznie szybciej niż w mięsie surowym. Toteż takie produkty mięsne są najczęstszą przyczyną salmonelloz u ludzi.
Następne miejsce ze względu na częstość występowania w mięsie i przetworach mię-snych zajmują gronkowce enterotoksyczne. Przyżyciowe zakażenie mięsa gronkowcami zda-rza się w przypadku różnych procesów ropnych u zwierząt, zwłaszcza w ropowicach i po-socznicach gronkowcowych mięso może być silnie zakażone. Istnieje możliwość zakażenia gronkowcami mięsa krów przeznaczonych na rzeź z powodu przewlekłego zapalenia wymie-nia.

Wtórne zanieczyszczenie mięsa i jego przetworów najczęściej spowodowane jest przez ludzi mających zmiany ropne na skórze, zwłaszcza na rękach, albo gronkowce entrotoksyczne w jamie nosowo - gardłowej.

Zanieczyszczenia mięsa laseczką jadu kiełbasianego (Clostridium botulinum) następu-je najczęściej z powodu zanieczyszczenia go ziemią lub kałem. Nosicielami tej bakterii mogą być szczury. Do zakażenia mięsa, bytującą niekiedy w przewodzie pokarmowym zwierząt rzeźnych (świń), może dojść również przy nieprzestrzeganiu okresu głodzenia przed ubojem.

Mięso może być również zanieczyszczone szczepami Clostridium perfringens. Praw-dopodobnie dostają się one do mięsa z zanieczyszczeniem kałem lub ziemią.
Z drobnoustrojów względnie chorobotwórczych w mięsie spotyka się często pałeczki Proteus, Escherichia coli, enterokoki i Yersinia eneterocolitcica.
Powierzchniowe psucie mięsa powodują bakterie z rodzaju Pseudomonas, bakterie z rodziny Enterobacteriaceae oraz pleśnie głównie z rodzaju Thamnidium, Sporotrichium i Cladosporium.

Cladosporium herbarum powoduje powstawanie ciemnych plam na powierzchni mię-sa, a bakterie z rodzaju Pseudomonas, w przypadku dużej wilgotności otoczenia, powodującej że powierzchnia mięsa jest wilgotna, wytwarzają śluz powodujący jej oślizgłość, a przy du-żym stężeniu również zmianę zapachu mięsa.
Początkowo zmiany dotyczą tylko powierzchni mięsa, ale stopniowo enzymy proteolityczne wytwarzane przez pałeczki Pseudomonas powodują rozpad tkanki łącznej, co umożliwia bak-teriom wnikanie w głąb mięśni.

W mięsie przechowywanym w chłodni często występują niepożądane zmiany zabar-wienia. Zmiany te mogą zależeć od działania czynników fizykochemicznych, jak zbytnie wy-suszenie, tlen powietrza lub też rozwój drobnoustrojów. Zzielenienie może być wynikiem rozwoju paciorkowców zieleniejących lub drobnoustrojów wytwarzających siarkowodór. Zmiany barwy wiąże się również z rozwojem pałeczek fermentacji mlekowej wytwarzających nadtlenek wodoru (Lactobacillus viridans). Obserwowane niekiedy żółte zabarwienie tłuszczu i powięzi w mięsie wołowym spowodowane jest działaniem Micrococcus citreus lub bakterii z rodzaju Flavobacterium, które wytwarzają żółty barwnik należący do karotenów; barwnik ten nie jest szkodliwy. Zdarzające się czasem świecenie mięsa wywołane jest zwykle rozwo-jem na powierzchni Pseudomonas fluorescencs i Acinecobacter luminescens.

Mikroflora mięsa peklowanego różni się znacznie od mikroflory mięsa świeżego. Główną mikroflorę mięsa peklowanego stanowią mikrokoki. Mogą one w mięsie peklowa-nym zawierającym znaczne ilości tłuszczu powodować niepożądane zmiany zapachu (zapach wędzonej ryby lub zjełczałego sera) spowodowane działalnością enzymów lipolitycznych. W mięsie peklowanym przechowywanym w chłodni może dojść do namnażania się psychro-filnych laseczek beztlenowych. W szynkach występuje Clostridium putrefaciens, powodując zmianę zapachu na słodko – kwaśny. Niektóre psychotrofowe szczepy Clostridium perfrin-gens mogą także namnażać się w szynkach trzymanych w chłodni. Oprócz mikrokoków w mięsie peklowanym występują pałeczki Gram – ujemne, a także pałeczki z rodzaju Lacto-bacillus. Niektóre z nich powodują niekorzystne zmiany organoleptyczne, np. Lactobacillus viridescens powoduje zielenienie mięsa.
Szynka lub baleron w plastrach są często pakowane w folię nieprzepuszczalną dla ga-zów. Hamuje to rozwój mikroflory tlenowej, ale stwarza możliwość rozwoju względnych beztlenowców mało wrażliwych na zwiększone stężenie chlorku sodowego, np. enterokoków i gronkowców. Te ostatnie wytwarzają silne enzymy, proteolityczne i lipolityczne, co zwykle doprowadza do wyraźnych zmian organoleptycznych poprzedzających ewentualne wytworze-nie enterotoksyny.

Przyczyną wtórnego zanieczyszczenia mięsa w czasie procesu technologicznego mogą być przyprawy, które zwykle zawierają bardzo liczną, przeważnie przetrwalnikująca mikroflorę. Większość przypraw (pieprz naturalny i ziołowy, ziele angielskie, majeranek, liście laurowe, papryka, kminek) zawiera ogólne liczby bakterii rzędu 106 – 108 / g, przy czym główna mikroflorę stanowią laseczki tlenowe.
Jelita używane na powłokę do kiełbas również mogą wprowadzać dodatkowo mikro-florę. Świeże jelita zawierają Clostridium perfringens, Clostridium putrificus, Clostridium sporogenes i pałeczki Proteus oraz Salmonelli.

W świeżo wyprodukowanych parzonych kiełbasach wędzonych znajdują się laseczki Bacillus subtilis, ziarniaki i pałeczki Proteus.
Psucie się kiełbas zależy najczęściej od rozwoju laseczek przetrwalnikujących tleno-wych i beztlenowych oraz pałeczek Gram – ujemnych. Zmianom organoleptycznym wywoła-nym przez te bakterie towarzyszy zwykle znaczny wzrost zawartości amoniaku w danym pro-dukcie. Bacillus subtilis wywołuje śluzowacenie i ciągłość farszu kiełbas połączone z po-wstawaniem charakterystycznego zapachu amoniakalno – stęchłego. Po przełamaniu takiej kiełbasy stwierdza się ciągnące nitki śluzu. Na powłoce w kiełbas, zwłaszcza przechowywa-nych w pomieszczeniach wilgotnych, występują szare naloty złożone z ziarniaków i drożdży. Śluzowacenie powierzchni może być wywołane przez ziarniaki lub pałeczki z rodzaju Pseu-domonas. Obserwuje się również pleśnienie kiełbas wywołane najczęściej przez rodzaje Aspergillus i Mucor.