Egzamin 2011

1. Metody proteomiczne prowadzące do uzyskania sekwencji oraz struktury przestrzennej.

2. Lejek zwijania.

3. Różnice w strukturze chemicznej i przestrzennej między DNA i RNA.

Zebrane pytania z poprzednich lat

1. co to jest struktura przestrzenna ? Co mierzymy i co wyznaczamy w metodzie wyznaczającej struktury przestrzenne ? Jaka musi być postać cząsteczki/ jakie są warunki by użyć takiej a nie innej metody? Jak sprawdzamy funkcjonalność białka, którego strukturę badamy ? W jaki sposób sprawdzić czy otrzymaliśmy poprawną strukturę przestrzenną ? Opisać wskazaną metodę badania struktury przestrzennej.
   
   a metody do których trzeba odnieść to wszystko to:
   a) magnetyczny rezonans jądrowy (NMR)
   b)krystalografia rentgenowska (rentgenografia)

2. Opisać oddziaływania stabilizujące:
   a)białka globularne
   b)białka błonowe

3. Opisać motywy:
   a) III-rzędowe RNA
   b) II i III-rzędowe DNA

1. opisać wybrane zagadnienie dotyczące zwijania białek (można było opisać na przykład paradoks Levinthala i lejek zwijania lub przewidywanie struktur wyższego rzędu na podstawie sekwencji białka)
   2) opisać jakie oddziaływania stabilizują struktury wyższego (II i III) rzędu DNA i RNA
   3) opisać metodę otrzymywania struktury przestrzennej: pytania naprowadzające: co to struktura przesztrzenna, co się mierzy lub oblicza w metodzie, jak się dochodzi do struktury, jaka jest stosowalność metody
   
   1. białka - budowa, czyli wiązanie peptydowe, kąty, które i jak wyglądają wykres Ramachandrama, gdzie na tym wykresie są odpowiednie struktury tylu alfa-helisa i jakim kątąm phi i psi odpowiadają te struktury, struktury II rzędowe i III rzędowe białek - co je stabilizuje, zwijanie się białek i tzw. lejek zwijania, co jest na osi pionowej tego lejka i dlaczego to lejek a nie stożek...

2. kw. nukleinowe - budowa A T G C - gdzie przyłącza się cukier, parowanie zarówno po 2 w normalnej helisie jak i po 3 (TAT, CGC) w trypleksie, kiedy może powstać trypleks, jakie warunki spełnione i co sprzyja powstawaniu, struktury II rzędowe i II rzędowe zarówno DNA i RNA, pseudowęzeł, efekt hipochromowy, topnienie DNA

3. metody - zasada działania, ultrawirowanie, współczynnik sedymentacji, co to jest, jaki jest i o czym mówi

a) narysowanie pary AT, potem trójki TAT, potem kiedy powstaja trypleksy, jakie warunki (obecność odpowiednich łańcuchów i warunki środowiska)
b) budowa białek globularnych i co je stabilizuje - jakie oddziaływania, jakie wiązania
c) metody określania budowy przestrzennej związków - rentgenografia przede wszystkim (powiedzialam ze jeszcze np. NMR, ale nie chciał nic więcej), pytał się o to co możemy wyznaczyć

1.Opisać jedną z metod badań strukturalnych białek.
2. Opisać wiązania stabilizujące cząsteczkę DNA
3. Podać różnice między strukturą białka globularnego i fibrylarnego.

1. Różnice strukturalne pomiędzy kwasami DNA i RNA.
(kazał skoncentrować się na drugo- i trzeciorzędowej strukturze)
2. Oddziaływania stabilizujące kompleksy molekularne.
3. Przedstaw jedną metodę ustalania struktury pierwszorzędowej białek.
Dlaczego jest nam niezbędna do pełnej charakterystyki białka?

1. narysować wykres topienia DNA od temperatury

2. opisac IIIrz strukture bialek globularnych i strukturalnych

3. powiedzieć co to jest Xk w pseudosymetrii helisy

4. opisać dowolna metode badania struktury bialek
   
   
   - Scharakteryzować co mozemy badac i w jaki sposob za pomoca rentgenografii + jak to generalnie dziala, problem fazowy i warunek Bragga
   - Inne niz helisa drugorzędowe struktury kwasów nukleinowych
   - Stabilność kompleksow, stala asocjacji i dysocjacji
   
   1)metody sekwencjonowania kwasow nukleinowych i omowic jedna
   2)opisac struktury II rzedowe bialek i co je stabilizuje
   3)porownac bialka strukturalne i blonowe
   
   . Porównać budowę białek globularnych i fibrylarnych.
   2. Wyznaczanie struktury przestrzennej cząsteczek przy pomocy NMR (2D NMR, efekt Overhausera i otrzymywanie dzięki niemu odległości między atomami i kątów dwuściennych)
   3. Co to jest motyw A-minor (trzeciorzędowa struktura RNA, gdzie adenina wiąże się ze strony małej bruzdy z OH-3' guanozyny sparowanej z cytozyną)
   
   1) narysowac 3-aminokwasowy peptyd, zaznaczyc katy i podac przyblizone wartosci
   2) omówić i czym jest stabilizowana dowolna struktura IIIrz RNA
   3) omówić dowolna metode prowadzącą do poznania struktury molekuły

1. Rentgenografia, co jest potrzebne, co się mierzy, jak się mierzy, problem fazowy, co z tego wynika. Porównać z NMR.
2. Porównać trzeciorzędową strukturę RNA i DNA.
3. Wykres Ramachandrana. Jakie ma konsekwencje dla przewidywania struktury białek z sekwencji.
W pierwszym trzeba było "porównać z NMR", a dokładniej skupić się na dynamicznej strukturze w roztworze [NMR] kontra struktura statyczna w krysztale [rentgenografia].

RNA tworzy trzeciorzędowe z drugorzędowych [np. koniczyna w tRNA], a DNA jest na białkach upakowywane.

Wykres należało narysować, opisać osie, napisać jakie kąty ma jaka struktura.
180 stopni - beta kartka, 60 stopni - alfa helisa

1. Opisać wybraną metodę (doświadczalną lub teoretyczną), która umożliwia określenie struktury przestrzennej. Odnieść się w punktach:
   -co to jest struktura przestrzenna?
   -podstawowe informacje o metodzie i jej zastosowaniu
   -co się oblicza albo określa w metodzie
   -jakie informacje o strukturze przestrzennej dostarcza metoda
   -jak zweryfikować uzyskane dane

2. Opisać oddziaływania stabilizujące helisy kwasów nukleinowych. Jakie oddziaływania uczestniczą w tworzeniu kompleksu białko:kwas nukleinowy

3. Opisać i porównać strukturę białek globularnych, włóknistych i błonowych