ODPOWIEDZI NA ZAMKNIĘTE (TEST WYBORU)
Ilość ori u eukariota - ssaki: 25 000 ; rośliny: 20-35 000
Funkcje białka SSB - wiązanie do ssDNA
-II- topoizomerazy - grupa enzymów biorących udział w replikacji gdzie odpowiadają za stopień skręcenia podwójnej helisy. Topoizomerazy konwertują energię chemiczną pochodzącą od ATP w energię torsyjnego napięcia cząsteczki o superhelikalnej strukturze. In vivo topoizomerazy rozplatają podwójną helisę DNA, udostępniając w ten sposób matrycę dla enzymów replikacyjnych lub transkrypcyjnych. W zależności od ilości rozrywanych jednorazowo wiązań fosfodiestrowych wyróżniamy:
topoizomerazy I - hydroliza jednego wiązania - nacięcie jednej nici, odpowiada za usuwanie (relaksacja) z cząsteczki DNA superskrętów.
topoizomerazy II - hydroliza dwóch wiązań - nacięcie obu nici, odpowiada za dodanie do cząsteczki DNA superskrętów.
Telomeraza - enzym rybonukleoproteinowy, którego zadaniem jest dobudowanie brakującego (w związku z tzw. problemem replikacji końca) 3'-terminalnego odcinka nici DNA (tak zwanej nici wiodącej). Telomeraza posługuje się w tym celu zintegrowaną z nią cząsteczką RNA. Cząsteczka ta ma odcinek bogaty w cytozynę, odgrywający rolę matrycy do wydłużenia końca 3' DNA. Do nici tej dobudowywane są sekwencje telomerowe. Z kolei prymaza syntetyzuje primer (RNA starterowy), którego obecność pobudza polimerazę do odtworzenia brakującego fragmentu nici opóźnionej DNA. Po replikacji RNA starterowy jest usuwany. Powstaje nowy ubytek - tym razem jednak w obrębie telomeru, a nie obszaru kodującego.
Naprawa rekombinacyjna - pozwala na naprawę uszkodzeń występujących w obu niciach (ang. double-strand breaks, DSBs). Jest ona wyjątkowo niebezpieczna dla genomu ze względu na brak matrycy umożliwiającej odtworzenie zmienionego fragmentu.
Aktywnośc(i) polimerazy I - 3 aktywności enzymatyczne: polimerazowa, egzonukleazowa 3'-5', egzonukleazowa 5'-3-
Efekt systemu naprawczego polimerazy I i polimerazy III - pol I- spadek żywotności po uszkodzeniu egzonukleazy ; pol III- zahamowanie replikacji, mutacja letalna (śmiertelna).
Transwersje są spowodowane przez związki alkilowe tj. EES , EMS , NTG , iperyt.
Retrowirusy i retrotranspozony przemieszczają się za pośrednictwem RNA. Retrotranspozony to retrowirusy i transpozony replikujące za pośrednictwem RNA.
Mutacja operatora oc powoduje konstytutywną syntezę enzymów szlaku laktozy nawet w obecności normalne kopii operatora.
Sekwencja liderowa
Synteza łańcucha RNA rozpoczyna się od lidera. Sekwencja liderowego RNA zawiera wydajne miejsce wiązania rybosomu. Produktem translacji liderowego RNA jest oligopeptyd, którego funkcja polega na określaniu stężenia dostępnego tryptofanu i regulowaniu terminacji transkrypcji. Pomiędzy sekwencją liderową a pierwszym genem struktury znajduje się atenuator, pełniący funkcję w regulacji transkrypcji. Zawiera on krótką sekwencję palindromową G-C,po którym następuje osiem cząsteczek adenozyny. Taka sekwencja ośmiu adenozyn transkrybowana daje na RNA osiem cząsteczek uracylu. Kombinacja ta umożliwia utworzenie przez mRNA strukturę spinki do włosów, czyli działa ona jak skuteczny terminator transkrypcji.
Pierwotny transkrypt to pre-mRNA
Enzymy restrykcyjne 1-ego typu - są to sekwencje asymetryczne, dwuczęściowe o schemacie 3pz NNNNN 4pz. Enzym ten przecina DNA ok.1000 pz za rozpoznawaną sekwencją. Do działania wymaga SAM, ATP i jonów Mg+2 .
-II- 2-ego typu - rozpoznają sekwencję 4, 6, 8 nukleotydową o strukturze palindromu i przecinają tę sekwencję tworząc lepkie, tępe końce. Zastosowanie: klonowanie i mapowanie genów, identyfikacja osobników metodami analizy restrykcyjnej (np. na ojcostwo), identyfikacja mutacji.
Crossing over to odmiana rekombinacji homologicznej.
NOR zawiera powtórzenia i geny kodujące cząsteczki rRNA.
Geny niealleliczne mają różne locus na chromosomie, mówiąc prościej: nie są allelami
Mutacja ramki odczytu/ORF (open reading frame) jest spowodowana działaniem barwników akrydynowych. Barwniki akrydynowe powodują w tym przypadku mutację punktową.
Odwrotna transkryptaza została odkryta przez onkologa Howarda Martina Temina oraz wirologa Davida Baltimore'a.
Transpozycja konserwatywna - polega na wycięciu sekwencji transpozonu z miejsca donorowego i wstawieniu w nowe miejsce genomu.
-II- replikatywna - przeniesienie transpozonu w nowe miejsce wiąże się z replikacją transpozonu, powstają nowe kopie.
Reperacja BER
Usuwa zbędnie zmodyfikowane zasady z DNA
Rozpoznanie zmodyfikowanej zasady przez specyficzną DNA-glikozylazę.
Hydroliza wiązania glikozydowego między zasadą a cukrem, co powoduje powstanie AP.
Przecięcie wiązania fosfodiestrowego w 5' końcu miejsca AP przez AP-endonukleazę co daje wolny koniec 3'- OH.
Polimeraza uzupełnia brakującą zasadę i ligaza łączy łańcuch DNA.
Reperacja NER
Usuwa uszkodzenia z dsDNA
UvrA - białko wiążące się z DNA.
UvrB - endonukleaza nacinająca DNA w 3' końcu.
UvrC - -II- 5' końcu.
UvrD - helikaza II usuwa nukleotyd zawierający uszkodzenie.
PolA - pol.I uzupełnia brakujące nukleotydy.
LigA - ligaza łączy jednoniciowe przerwy.
Enhancery - to krótkie sekwencje w DNA (50-1500 bp) wspomagające i regulujące transkrypcję informacji genetycznej, zlokalizowane w dużej odległości od regulowanego promotora genu (zwykle ok. 1 Mbp), w kierunku zgodnym z transkrypcją lub przeciwnym, mogą być ułożone w dowolnej orientacji w stosunku do regulowanego promotora, zarówno w „cis” (na tej samej cząsteczce DNA) jak i „trans” (na innej cząsteczce DNA). Inaczej są nazywane sekwencjami wzmacniającymi. Do sekwencji tych przyłączają się białka transkrypcyjne, które bezpośrednio oddziałują na transkrypcję oddalonego genu. Odkryte początkowo u eukariontów, występują też u prokariontów. W przeciwieństwie do silencerów powodują wzrost wydajności transkrypcji genu. Nie są specyficzne względem promotorów.
Promotor – odcinek DNA, położony zazwyczaj powyżej sekwencji kodującej genu, który zawiera sekwencje rozpoznawane przez polimerazę RNA zależną od DNA. Po połączeniu się polimerazy RNA z promotorem rozpoczyna się transkrypcja (proces przepisywania informacji genetycznej z DNA na RNA). Promotory eukariotyczne zawierają także sekwencje rozpoznawane przez czynniki transkrypcyjne, które wiążąc się z DNA umożliwiają związanie się polimerazy RNA z nicią DNA i rozpoczęcie transkrypcji. Promotor może mieć długość od kilkudziesięciu do kilkuset nukleotydów.