Dostałam 4 pytania, które zrobiłam w 15 min, Z tego co pamiętam to
1) było podane jakieś białko i pytanie ile jest rekordów tego białka w uniprocie, co mają swoje odnośniki w pdb,
2) znajdź 5 ortologów jakiegoś tam białka,
3) była nazwa struktury krystolograficznej i pytanie z jakiego to białka i jakie domeny sa w tym białku,
4) nazwa białka z neisserii i w której ramce odczytu będzie najdłuższy transkrypt.
strukture krystalograficzna znajdujesz wpisujac jej numer do pdb, numer jest podany
ORFfinder, wklejasz tam sekwencję nukleotydową i zaznaczaśz na dole "all six frames" - wtedy wyrzuci sekwencję w 6 ramkach i z boku będzie napisane jakie są długie - wybieramy najdłuższą:)
4 krótkie pytania, spośród których można sobie wybrać 3 do rozwiązania ok. 20 minut na wszystko, panowie podchodzą najpierw do tych, którzy wcześniej skończyli.
1. Ile jest białek z Danio rerio, które posiadają więcej niż 5000 aminokwasów. Ile jest takich białek ludzkich? (+)
2. Zaznacz wiązania wodorowe między białkiem a DNA dla białka wiążącego TATA-box (1 AIS) (+)
3. Znajdź helisy transmemmbranowe w białku X - ile ich jest? (+)
4. Ile białek o 100 % zgodności z białkiem X znajduje się w bazie UniProt? (uniprotkb i na górze kliknąć 100%/ znaleźć białko w uniprocie i wprowadzić do blasta, potem patrzeć na 100% podob.lub query cover)???
a czy wie ktos jak odpowiedziec na to: Ile białek o 100 % zgodności z białkiem X znajduje się w bazie UniProt?
To będzie można znaleźć tutaj: http://i.imgur.com/EYmu9aW.png
1. Jaka jest najczęstsza przyczyna powstawania mutacji związanych z cystic fibrosis? (OMIM w SRS)?
2. Znajdź sekwencje DNA podobne do białka x. tblastn
3. Ile białek o zachowanej strukturze posiada motyw xxxxx, podaj numery tych białek.
4. Czy w białku o strukturze xxxx arginina 521 tworzy wiązania wodorowe?
Mniej więcej tak brzmiały pytania. Trochę dopytywali, np w blascie, jak zinterpretujesz otrzymane wyniki (e-value, identity), pytań teoretycznych nie miałam.
Białko X podane, ile ma aminokwasów? (+)
2. Białko X podane, ile podobnych białek w bazie danych białek opatentowanych? Ile z E value mniejszym od 0.001? (+)
3.Białko X, czy posiada helisy transbłonowe? (+)
4. jakaś czarna magia o wiązaniach między atomami...nie pamietam, od razu olałem:)
w blascie mozesz wybrac baze: Database: patented protein seq
Ile jest helis w białku odpowiedzialnym za fenyloketonurię? ktoś wie jak sprawdzic?
Można za pomocą srs.ebi.ac.uk odnaleźć w bazie OMIM 'Phenylketonuria', zrobić link do UniProt, trafiając w ten sposób na:
http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-id+2OcDg1ikrmW+-e+[UNIPROT:'PH4H_HUMAN']+-qnum+3+-enum+1
A tam w zakładce 'Features', klucz 'Helix' występuje 16 razy.
Czy alfa helisy białka 3d9x mają aminokwasy znajdujące się w niedozwolonych obszarach wykresu Ramachandrana?
Jest całkiem przyzwoicie - wykres z Chimery przedstawia się tak: http://i.imgur.com/tkamxh6.png (te czerwone punkty oznaczają właśnie alfa helisy - mieszczą się w wyznaczonych zakresach). Trzeba otworzyć białko, zaznaczyć helisy przez Select/Structure/Secondary Structure/Helix, a potem Favorites/Model Panel/Ramachandran Plot.
Czy gen kodujący białko NadA z bakterii Neisseria meningitidis koduje jeszcze jakieś długie ORFy w innych ramkach odczytu? jak to w innych ramkach? ORFFinder
dla sześciu ramek, sprawdż w 5 pozostałych...
3 ramki dla nici + i 3 dla nici -
