Zaliczenie genomika zima 2011

1. Definicje

Genomika- Nauka interdyscyplinarna łącząca biologie molekularną, informatykę i robotykę w celu globalnej analizy genów, białek i transkryptów żywych organizmów

BioInformatyka- Nauka interdyscyplinarna wykorzystująca matematykę stosowaną, statystykę, informatykę do rozwiązywania problemów biologicznych

Genom- całkowity zbiór DNA lub RNA danego organizmu

Transkryptom-całkowity zbiór transkrybowanych cz RNA

Proteom-całkowity zbiór syntetyzowanych białek organizmu

2. Liczba sekwencji w bazie danych Genebanku na koniec 2010

146M

3. W którym roku zsekwencjonowano genom Haemophilus infuenzae

1995r.

4. Podaj 3 organizmy eukariotyczne, których genom został całkowicie zsekwencjonowany. (NIE BYŁO)

Człowiek, szympans, mysz

5. Podaj 3 organizmy prokariotyczne, których genom został całkowicie zsekwencjonowany. (NIE BYŁO)

Pałeczka grypy, E.coli, Klebsiella pneumoniae

6. W którym roku wstepnie zsekwencjonowano genom człowieka

2001

7. Wielkość genomu człowieka.

3Gb

8. Ile genów kodujących białka ma człowiek.

23k-24k

9. Na osobnej kartce były formaty zapisów (chyba 5 rodzajów)

Przypisać do:

FASTA

>blablabla
atatgctagatcgtgattagctagct

GenBank

EMBL

NEWAT (chyba też był)

INSDC (NIE BYŁO)

10. Znajdz orfy w podanej sekwencji (3 razy przepisana podwójna nić) Przeczytaj w 6 fazach.

START: ATG, STOP: TGA,TAA,TAG

5'-->3'

my mielismy raz podwójną nić i na każdej z nici był jeden orf

11. Zaznacz egzony w podanej sekwencji.

Miejsca wycinania intronów: GT---AG

my mieliśmy zaznaczyć jeden początkowy, jeden środkowy i jeden końcowy, dało się ładnie to zrobić

12. Dlaczego trudniej znaleźć geny u eukariota niż u prokariota. ( Wypisać 4)

-introny i egzony

-geny rozproszone

-zróżnicowane regiony regulatorowe

-liczne sekwencje powtórzone (SINE, LINE)
-alternatywny splicing, transkrybcja, translacja, redagowanie RNA

13. Mikromacierze i chipy DNA-co to i do czego służą

-określanie cech charakteru, intelektu, predyspozycji do chorób

-diagnozowanie chorób i dobór terapii/leków

14. Dot matrix - 3 rysunki podpisać (delecja, insercja, duplikacja chyba)

15. Obliczyć scor przyrównania

16. E-value wyjaśnić

-liczba fałszywych homologów z bazy danych, których losowe przyrównania mają większy score niż nasze przyrównanie

17. Napisz konsensus podanych sekwencji (5 sekwencji bardzo podonych oprócz jednej)

18. Definicja ortologi i ksenologi i paralogi

ortologi- homologiczne geny różnych organizmów powstałe w wyniku specjacji, pochodzące od wspólnego przodka, tendencja do posiadania podobnych funkcji

paralogi- homologiczne geny jednego organizmu powstałe w wyniku duplikacji, pochodzące od wspólnego genu-przodka, tendencja do posiadania różnych funkcji

ksenologi- homologiczne geny nabyte przez transfer horyzontalny, podobne funkcje

19. Które mutacje (podstawianie) są czestsze i dlaczego?

Tranzycje częstsze niż transwersje- zasady bliższe strukturalnie, rzadziej powodują zmiany aminokwasów lub ich właściwości

20. Które drzewo zostało narysowane metodą parasymonii (3 do wyboru)

21. Napisz, które sekwencje ewoluja szybko, a które wolno.

22. Narysuj drzewo ((A,B), C,D)

A B C D

\/ / /

\ / /

\/ /

\/

23. Wyliczanie czasu dywegencji (były dane i trzeba obliczyć)

24. Dlaczego wielkość genomu eukariota nie odzwierciedla ilości genów.

dużo sekwencji niekodujacych ktroe m.in. reguluja ekspresje genow, np. 1,5% kodujacego DNA u czlowieka

25. Podstawienia rzeczywiste a zaobserwowane. Dlaczego może tak byc narysuj przykład. (NIE BYŁO)

Ale było że była sekwencja np. AGATGAC i z niej wyewoluowały ACTTGAC i AGAT—C i narysować skąd to się wzięło tzn jakie zmiany były w pierwotnej żeby zrobić te dwie inne (np. G-->C albo delecja A)

26. Zjawiska kształtujące wielkoś genomu . Wymień:

-redukcja

-delecja

-duplikacja

-poliploidia

-transfer horyzontalny

-rearanżacje

Połączyć nazwy z tym co to do czego to

a5, b3, c6, d8, e1, f9, g7, h2, i4, j11, k10

i jeszcze:

Jakie literki co oznaczają (slajd „Komputerowy zapis sekwencji nukleotydowej”)

np. N=A,C,T,G
W=A lub T
S=G lub C

---