INZYNIERIA GENETYCZNA 2009-06-26

1. Wektory ekspresyjne:

a) umożliwiają transkrypcję DNA (1)
b) umożliwiają transkrypcja i translacja DNA i RNA (1)
c) do produkcji bialka rekombinantowgo (1)
d)

2. Adaptory:
a) mogą być jednoniciowe (1)

b) mogą być dwuniciowe (1)

c) mogą wykazywać się niekomplementarnością (1)

d) mogą łączyć lepki koniec 5' z lepkim 3' (albo lepki 3' z lepkim 5') (1)

3. Fragment Klenowa polimerazy I E coli:
a) wykorzystywany w znakowaniu random priming (1)

b)ma aktywność egzonukleazy 5'-3' (0)

c)wykorzystywany do znakowania schowanych 3' (1)

d) dawniej wykorzystywany w sekwencjonowaniu DNA (1)

4. Konsekwencją integracji wektora pMutin jest:
a) insercyjna aktywacja genu docelowego (1) - ??? Ze skryptu: „gen docelowy jest przerywany - sekwencja orf2 została insercyjnie zinaktywowana”, więc może jednak (0) ?

b) podpięcie genu reporter. lacZ pod promotor znajdujący się powyżej miejsca integracji (1)
c) podpięcie sekwencji znajdujących się poniżej miejsca integracji pod promotor wektora (1) (konkretnie P_spac).
d) wykorzystywanie do badania funkcji badanych sekwencji (1)

5. W procesie vectorette PCR:

a) wykorzystujemy jednoniciowy adapter (0)

b) DNA jest pociete enzymami restrykcyjnymi (1)

c) wykorzystjemy proces ligacji (1)

d) wykorzystujremy wektor do powielania DNA (1) - na końcu klonujemy otrzymany DNA i sekwencjonujemy. Jeśli o to chodzi to (1).

 

6. Wektor binarny:

a) moze sie replikowac w Agrobacterium i E coli (1)

b)moze byc dostraczany (czy cos w ten desen) metodą koniugacji  trójrodzicielkiej (1) -

c) musi miec homologie z Ti (0) - chyba

d) Agrobacterium korzysta z plazmidu pomicnicznego zawierające geny wirulencji (1)

 

7. Wlasciwość egzonukleazowa 5->3 polimerazy Taq:

a) nie istnieje (0) - ma, ale słabą więc musi być (0)

b) odpowiada za dużą wierność klonu (0)

c) powoduje tępy koniec produktu PCR (0)

d).jest wykorzystywana w TaqMan (1)

8. Markery molekularne:

a) nie mogą byc wykorzystuywane w ....

b) otrzymuje się metodą .... SBD? (0) - metody rapd, bla bla bla, nie ma żadnego sbd

c) znajdują się w mapie zintegrowanej (1)

d) odległość na mapie wyrażona w pz (0) - w centymorganach

9. W pirosekwencjonowaniu

a) nukleotydy sa dodawane po kolei (1)

b)fluorescencja zachodzi poniewaz odlaczaja sie od siebie fluorofor i wygaszasz (0)

c) luminescencja konsekwencją reakcji odlaczenia sie pirofosforanu (0)

d) usuwamy nadmiar dNTPów i ATP (1)

 

10. Sekwencja TDNA plazmidu Ti

a) jest oflankowana sekwencjami LB i RB (1)

b)odpowiada za tworzenie tumoru i katabolizm opin (0) - w prawej części sekwencji występują geny odpowiedzialne za tworzenie Opin (więc syntezę - anabolizm) - w takim razie (0).

c) zawiera geny wirulencji (0)

d) jest transportowana do jądra komorek rośliny (1)

 

11. System dwuhybrydowy u drozdzy
a) wiązanie białka z RNA (0)
b) klonowanie genow polozonych niedaleko znanych sekwencji (0)
c) klonowanie genów położonych blisko przy znanych sekw (0)

d)

12. Mikromacierze - chyba całe ok., ale nie na 100% a i d
a) syntetyzowane in situ metoda fotolitografi (1)
b) hybrydyzacja kw.nukleinowych na podlozu stalym (1)
c) mieszcza max kilkaset probek (0)
d) tożsamość DNA nieznana (0)

13. Markery blisko sprzężone z poszukiwanym genem
a)u roslin o duzych genomach łatwiej znaleźć poszukiwany gen (1)
b)chyba chodzilo o jakies gatunki spokrewnione izo…(1) - chyba jednak
c) metoda chromosome landing tylko gdy to nie sa markery molekularne - ?
d)

14. Biblioteki jumping
a) trawienie enzymem gesto tnacaym, cyrkilacja i ligacja z markerem, trawienie enzymem rzadko tnącym (0)
b) sekwencje otaczajace miejsca trawienie enzymu gęstotnącego (0)
c) przezwyciezenie trudnosc z sekwencjami powtarzalnymi i nieklonowalnymi (1)

d)

15. Spacer po chromosomie
a) bac i yac (1)
b) cos z cDNA (0)
c) cos z bibliotekami genomowymi (1)
d)

16. Nick translation
a) do znakowania dna (1)
b) DNAza I (1)
c) uzywana pol.I E.coli do katalizowania procesu (1) lub (0)
d) wykorzystuje własciwość polimerazy I 5'-3' i egzonukleazy 5'-3' (1)

17 .Nested deletion np. 10kB
a) do sekwencjonowania (1)
b) trawienie egzonukleaza III (1)
c) mutageneza cos z E.coli (0) - jeżeli transformacja to 1
d) długie fragmenty (1)

18. BAC'i

a) mogą występować w systemie binarnym (1)

b) pomieszczą insert do 1000 kb (0) 100-300 kb

c) w komórce występuję w formie kolistej (1)
d) wprowadza się je do komórki metodą elekrtotranpozycji (1) - jeżeli elektrotranspozycja i elektroporacja to to samo,

19. RACE PCR:
a) technika szybkiej amplifikacji końców chromosomów (0)
b) technika umożliwiająca otrzymanie pełnej długości sekwencji, gdy znany jest tylko fragment (1)
c) matryca to cDNA (1)

d) końce 2', 5' (0)

20. Metoda cDNA AFLP:

a) ma mniejszą czułość niż hybrydyzacja plus/minus różnicowa (0)
b) stosujemy do syntezy ds DNA (0)

c) startery dobudowują się z sekwencja 3' (0)
d) wykorzystujemy dwustopniowa amplifikację (1)

21. W metodzie real time PCR współczynnik C_T to:
a) współczynnik C_T określa cykl (nr cyklu) w którym wartość fluorescencji osiąga wartość progową (1)

b) wartość ta daje informacje o tym ile kopii docelowej sekwencji dostarczono z matrycą do reakcji (1)

c) odpowiada stężeniu matrycy (1) - ?

d) wysycenie sondy Taqman (0)

22. Starter arbitralny:
a) Rt PCR (1)
b) Inverce PCR (0)
c) DD - PCR (1)
d) RACE - PCR (0)

23. Amplifikacja RNA:
a) transkrypcja in vitro (0)
b) real time RT  PCR (1)
c)RT PCR (1)
d)can (0)

24. Bałko rekombinantowe

25. Gen reporterowy

26. T/A

a) wektor jest odfosforylowany (0)

b) dołącza do końca 5' wektora nukl tymidynowe (0)

c)

d)

1. Synteza dsDNA pełnej długości odbywa sie przy pomocy
A) odwrotnej transkryptazy, DNAzy I, fragmentu Klenowa, ligaza (0)
B) odwrotnej transkryptazy, RNAzy H, fragmentu Klenowa, ligaza (1)
C)odwrotnej transkryptazy, nukleazy S, fragmentu Klenowa, ligaza (0)
D) odwrotnej transkryptazy, hydrolizy alkalicznej, fragmentu Klenowa (0)

4. His Tag w białku rekombinantowym:
A) zwykle nie wpływa znacząco na jego strukturę i funkcje i właściwości (1)
B) pozwala na jego oczyszczanie na złożu z tlenkiem fenylo arsenu (0)
C) stanowi sekwencję docelową dla enterokinazy (0)
D) umożliwia detekcję metodą western blot (1)

8. YEp:

A) zawierają drożdżowy marker selekcyjny (1)

B) zawierają bakteryjny marker selekcyjny (0)

C) mogą się namnażać w komórkach drożdżowych (1)

D) mogą się namnażać w komórkach bakteryjnych (1)

10. Wektor binarny

A) może sie replikować w coli i u Agrobacterium (1)
B) nie ma sekwencje homologiczna do Ti (1)
C) T DNA jest oflankowane sekwencjami granicznymi  (1)

D) być może że chodziło o coś z regionem wirulencji albo z genami wirulencji ale nie wiem czy to nie było w innym pyt

jeszcze cos tam było o plazmidzie pomocniczym - czy jest potrzebny temu wektorowi, a jeśli chodzi o sekwencje flankujące  transgen to nie wiem czy nie chodziło o geny wirulencji czy cos, tez nie pamiętam :/ no jeśli chodzi o plazmid pomocniczy, to wtedy 1

11. Somatyczny transfer jadrowy:
A) pozwala na selekcje  in vitro na etapie zarodków (0) - bo na etapie fibroblatów
B) wykorzystuje enukleowane oocyty 1
C) etapem jest mikroiniekcja do przedjadrzy męskich 0
D) nie ma konieczności implantacji zarodków to organizmu biorczyni 0

12. Rekombinacja z udziałem sekwencji loxP:
A) katalizowana jest przez drożdżowa rekombinaze FLP (0)
B) w ukladzie cis loxP ze zgodna orientacją następuje inwersja sekwencji zawartej miedzy nimi (0)
C) w ukladzie cis lox P z niezgodną orientacja następuje delecja sekwencji (0)
D) ma charakter uprawniony (0)

13. Do Vectorette PCR:
A) Używamy starterów sekwencji znanej i adaptora (1)
B) Startera sekw. znanej i nieznanej (0)
C) Startera sekwencji znanej i sekw. Homologicznej (0)
D) Startera sekw. znanej i zdegenerowanego (0)

startery w vectorette to specyficzny i adaptorowy

14. RACE PCR:
A) tzn technika szybkiej amplifikacji końców chromosomów 0
B) położenie konkretnych genów 0
C) matryca to cDNA 1
D) końce 2', 5' 0

16. Hybrydyzacja różnicowa:
A) służy do klonowania genów o różnej lokalizacji 0
B) służy do klonowania genów o różnym fenotypie 1 właśnie ja nie wiem, czy fenotyp tu odgrywa jakąś rolę, szukałem w Marku i nic nie było…
C) służy do wykrywania specyficznych transkryptów dla danej linii komórek 1
D) żadna z powyższych odpowiedzi nie jest prawidłowa 0

19. Do pozycyjnego klonowania genu metodą spaceru po chromosomie wykorzystuje się:
A) informacje w markerach molekularnych (1)
B)biblioteki genomowe w wektorach BAC lub YAC (1)
C) sondy..... (1)

20. Biblioteki linking (sprzęgające):

A) ?pozwalają na klonowanie? krótki odcinków w pobliżu miejsca restrykcyjnego
B) tworzy sie w sposób... (taki jak sie naprawdę tworzy)
C)
D)Pozwalają uniknąć problemów spowodowanych przez sekwencje nieklonowane i powtarzalne (1)

21. Drożdżowe systemy dwuhybrydowe:

a) na podstawie tej techniki możemy mieć informację o sekwencji DNA (0) (mamy tylko informację o genach kodujących białka)

b) czy DBD wiąże się z przynętą (1) (ekspresja wektora prowadzi do powstania białka fuzyjnego - jedna jego część odpowiada przynęcie, a druga - domenie DBD)
c) czy AD wiąże się z zdobyczą (1) (PRAY-AD)
d) czy między przynętą a zdobyczą wiązanie jest kowalencyjne (0) (oddziaływanie niekowal.)

e) wykorzystanie białka zawierającego domenę AD (domenę aktywującą) i wiążącego się z przynętą (0) (AD wiąże się z Prey czyli częścią rekombinantową)????
f) wykorzystanie białka zawierającego domenę DBD (wiążącą DNA) i będącego przynętą (0) (to białko nie jest przynętą tylko się z nią wiąże)?????

22. Touchdown PCR:
A) temperatura idzie do góry (0)
B) używamy startera arbitralnego (1) - raczej zdegenerowanego, więc (0)
C) polimerazę dodajemy pod warstwą wosku (0)
D) nie pamiętam

25. W toku testu opóźnienia w żelu (band shift assay):
A) pytanie o białko oddziałujące z DNA chodziło że białko zabezpiecza przed trawieniem (1)
B) pytanie o dodatek badanego fragmentu w postaci nie wyznakowanej dodanie DNA niewyznakowanego ma konkurować z DNA wyzankowanym o wiązanie z białkiem i powoduję że sygnał jest słabszy (1)
C) pytanie o tożsamość oddziałującego z DNA białka
D) superopóźnienie migrującego kompleksu osiągamy poprzez dodatek współpracującego z sondą nukleotydu.

a ologonukleotyd o który chodzi w D ma za zadanie pokazać z która sekwencją DNA oddziałuje
białko - konkuruje z DNA o białko ale raczej nie powoduje superopóźniania chyba nawet przyspiesza migrację albo wygasza sygnał - więc (0)

26. RNAse protection assay:

czy bardziej czuła od northern (1)

27. W metodzie FAR WESTERN:
A) sondą jest zawsze przeciwciało dla danego białka (0)
B)białka mogą być przygotowywane podobnie jak w metodzie western blot (?)
C)sondy białkowe mogą być wykorzystywane w sekwencjonowaniu..... (0)
D)możemy poznać tożsamość badanego białka (1)

28. Forward genetics [odwrotna genetyka]

A) Punktem wyjścia dla... charakterystyki docelowego genu jest fenotyp molekularny

B)Punktem wyjścia jest... gen, który poddaje się mutacji w celu poznania jego funkcji

C)Mozna wykorzystać... funkcjonalne fenokopie zmutowanych...

D)

29.Proteomika

30. Przy konstrukcji bibliotek genomowych:
A)stosujemy elektroforezę pulsową
B)duża pojemność wektora zmniejsza szanse na znalezienie docelowej sekwencji

C)bazuje na ligacji

D)stosuje się fragmenty restrykcyjne genomowego DNA

Nie posiadajac ligazy nie mozemy przeprwadzic eksperymentu:

A. RT-PCR (0)

B.TAIL-PCR (0)

C.RACE-PCR (1)

D.DD-PCR (1)

22. Zbiory jakiejś instytucji z Mitchigan

wykorzystujemy do ich przeglądania PCR

wynaleziono je dzięki klonowaniu w Agrobacterium (?)

mają koniec 5' (?) zaopatrzony w sekwencje poli T (?)

13 . Inverse PCR

a) uzywamy starterów o krótkich sekw. znanych i nieznanych (0)

b) uzywamy starterów o sekwencji znanej i adaptera (0)

c) sekwencji znanej i zdegenerowanej (zdegradowanej) nie pamiętam (0)

d) sekwencji znanej i jakiejs na amfilo czy cos nie pamiętam (0)

27) Amplifikacja RNA:

a) RT-PCR (1)

b) real-time RT-PCR (1)

c) TAIL- PCR i dalej nie pamietam (0)

16.Hybrydyzacja plus-minus:

c)wykorzystywana do klonowania genów represorowych przez transkrypcje dla badanej populacji komórek

Pytanie 21

Drożdżowy system dwuhybrydowy

1)aktywuje geny receptorowe (0)

2)wykorzystanie białka zawierającego domenę AD (chyba domenę transaktywującą) i i wiążacego się z przynęta (0)

3)wykorzystanie białka zawierającego domenę DB (wiążącą DNA) i będącego przynętą (1)

4)klasyfikacja genu kodującego białko zawierające domenę oddziałującą z innymi białkami (1)

22. kolekcje mutantów insercyjnych Arabidopsis z Uniwersytetu jakiegośtam

a) otzrymano przy użyciu Agrobacter jako wektora

b) z użyciem TDNA jako czynnika mutagennego

c) można przeglądać za pomocą PCR

d) niestety nie zdążyłam;(

1. HisTaq w białku rekombinantowym.

1. występuje z nim w formie koniugatu (0)

2. nie można wykrywać western blotem (0)

3. Można oczyszczać metodą powinowadztwa chromatografii (1)

4. Wykorzystywany do detekcji (1)

2. Yac

1. można stosować do pozycyjnego klonowania (1) - chyba

2. ma postać liniową (1)

3. zawiera marker selekcyjny oporności na antybiotyki (1)

4. zawiera marker komplementujący mutacje auksotroficzne (1)

3. Polimerazy RNA

1. do syntezy sond RNA (1)

2. do amplifikacji RNA (1)

3. wymagają do działania promotorów (1)

4. wymagają do działania oligonukleotydów (0)

4. Amplifikacja RNA

1. transkrypcja In vitro

2. polimeraza RNA T3

3. cDNA

5. Cięcia restrykcyjnego wymagają metody:

1. Tail PCR (0)

2. Inverce PCR (1)

3. Vectorette (1)

4. cDNA AFLP (1)

6. Wewnątrzcząsteczkowa ligacja:

1. Inverse PCR (1)

2. DD PCR

7. Synteza cDNA w metodach: -> też różne wymienione w tym było primer extension

8. Geny wirulencji

1. mają białka potrzebne do procesu transformacji

2. odpowiadają za transfer koniugacyjny

3. są przenoszone do jądra

9. Oligonukleotydy Dna

1. mogą być wykorzystywane jako adaptery i linkery (1)

2. mogą być zdegenerowane - ?

3. na końcu 3' znakowane nukleotydami selekcyjnymi ( albo to mogło być w innym pytaniu)

4. niepełne dopasowanie oligonukleotydu do matrycy uniemożliwia dalszą syntezę (0) - chyba

10. Metoda Maxama- Gilberta

1. chemiczna degradacja końców DNA

2. nie trzeba stosować rozdziału w żelu

3. syntetyzowane są fragmenty DNA
   

11. Directional forcet cloning

1. transgen można wstawić w wybrane miejsce w genomie

14.CDNA AFLP

a) mniejsza czułość niż hybrydyzacja + /- i różnicowa (0)

b) DNA ma postać dwuniciową (1) - cDNA ma postać 2 niciową

c) dwustopniowa amplifikacja (1)

(d) tu coś innego niż na 1szym terminie)

16. System dwuhybrydowy u drożdzy:

a) bazuje na aktywności genu reporterowego którego ekspresję można wzbudzić przez połączenie się białek przynęty i zdobyczy (1)

b) umożliwia klonowanie białek oddziałujących ze znanymi białkami (0)

c) bazuje na białku fuzyjnym powstałym z DBD stanowiącym miejsce wiązania DNA a przynętą (1)

d) Bazuje na białku fuzyjnym powstałym z AD i zdobyczy (1)

e jest to połączenie kowalencyjne

17. Diferential Display

18. Fragment Klenowa

a) nie ma funkcji korekcyjnej (1)

b) wykorzystywany do Nick translation (1)

c) znakowanie schowanych końców 3' (1)

19.Real time PCR

a) mówi o wyjściowej liczbie kopii wziętej do reakcji (1)

b) nr cyklu w którym wartość fluorescencji osiaga progową - jeśli chodzi o wartość C_T to (1)

c) coś o stężeniu matrycy - podobnie jak wyżej

d) mówi o całkowitym wysyceniu Dna sondą Tasman - jeśli jak wyżej to (0)

21. Biblioteki linking

a) enzym gęstotnący, ligacja, enzym rzadkotnący (1)

b) miejsca otaczające sekwencje enzymu radzkotnącego (1)

c) ominięcie sekwencji nieklonowalnych i powtzralnych (1)

22. do Inverce PRC uzywamy starterów:

a) o sekwencji znanej i nieznanej (0)

b) o sekwencji znanej i adaptera (0)

c) o sekwencji znanej i zdegradowanej (0)

d) sekwencji znanej i jakiejś ?

---