iuPYTANIA BIOLOGIA MOLEKULARNA 28.012008

1. Cechy charakterystyczne mRNA eukariota

1. Zazwyczaj powstają z pre-mRNA

2. Posiadają na końcu 3' ogon poliA , nie kodowany przez matryce

3. Posiadają na końcu 5' rejon bogaty w ppG- tutaj chodziło chyba o kap ale w kapie nie ma dużo ppG tylko jest jeden ppG (kap0) a potem są już metylowane reszty rybozy i powstają kapy następne, więc to chyba jest źle

2. Odwrotna transkryptaza

-polimeraza DNA zalezna od DNA

-polimeraza DNA zalezna od RNA

-Replikaza RNA-polimeraza RNA zalezna od RNA

-wirusowa czy komórki gospodarza - wirusowa(to jest enzym wprowadzany do komórki gospodarza przez wirus razem z jego materiałem genetycznym)

- powstaje hybryda DNA - RNA

- odwrotna transkryptaza RNA zależna od DNA

3. Sekwencja transkryptu ; 5' AAUUGUAA 3'(NIEDOKOŃCA TA SAMA ALE NIE O TO CHODZI)

2 ODP DOBRE;

RNA 5' AAUUGUAA 3'

DNA_{MATRYCOWA ANTYSENSOWNA} 3' TTAACAT T 5' - 5'TTACAATT 3'

DNA_{KODUJACA SENSOWNA} 5-AATTGTAA 3'

4. SPLAJSING

1. gr 1 jest u Procaryota gr 2 u Eucaryota - u prokariota nie ma splicingu bo nie ma intronów!!!

2. w splicuinu gr 1 następuje atak guaniny lub guanozyny ma na 2' OH? Na miejsce splicingowe 5' powinno być (tak, że powstaje wolna gr.3'0h egzonu pierwszego)

3. w splicosomie uczestniczą katalityczne cząsteczki snRna - to było poprawne

5. Histony -modyfikacje potranslacyjne na końcu N'

-ulegają acetylacji , fosforylacji , ATp-zowane , ubikwitynacji

-wystawienie ogonów na działanie acetylaz

- coś tam było z acylacją reszt Lys w ogonach hisonowych- to jest chyba zla odpowiedz, bo było napisane, że tylko Lys a to Lys i Arg ma być

- kod histonowy - było coś o tym, że kod histonowy jest informacją czy zbiorem informacji o modyfikacjach czy coś takiego. W każdym razie dobra odpowiedz)

6) Operon laktozowy

- ze Y koduje β-galaktozydaze ,- ma być Z

- tworzy wiązanie 1,6 βglikozydowe w allolaktozie ,

- katalizuje tworzenie glukozy i czegoś tam jeszcze - nieprawda bo glukozy i galaktozy

- katalizuje syntezę laktozy z glukozy i galaktozy - nieprawda

- coś tam że jak się łączy z kompleksem CAP-cAMP w miejscu operatorowym (to jest źle bo ten kompleks łączy się z miejscem tzw. CAP-site a nie z operatorem)

7) Enzymy restrykcyjne ;Pocięto jakiś liniowy odcinek DNA enzymem EcoRV , obraz po elektroforezie uwidoczniono na żelu , Co możesz powiedzieć na podstawie rysunku poniżej , żel wybarwiono bromkiem etydyny , zwróć uwagę na słabo rozdzielone elementy o długościach 433 i 415 pz

1. W żelu znajduje się bromek etydyny

2. Na tym odcinku DNA znajduje się 5 unikalnych mc restrykcyjnych rozpoznawanych przez enzym - tak, bo to był liniowy DNA i powstalo 6 kawałków czyli 5 miejsc restrykcyjnych

3. Długość cząsteczki Dna wynosi 2220

4. Najszybciej migrującym fragmentem jest fragment o dług. 210pz

5. Najszybciej migrującym fragmentem jest fragment o dług. 2220pz

6. Żadna z powyższych nie jest prawdziwa

7. Metoda ta może być stosowania do produktów ekspresji metody Sangera- nie, bo w metodzie dideoksy sangera nie stosuje się elektroforezy tylko robi się autoradiogram a elektroforeze stosuje się do metody Southern

8) Co jest wymagane do przeprowadzenie reakcji Sangera ale chodziło o to że jest obecny zawsze w jednym z odczynników?

-2',5'-di detoksy analog jednego z 4 dNTP-źleeeee 2,3-dideoksy analog dNTP

- polimeraza DNA

- άP32-ATP (bo dodajemy ddNTP do środka łańcuch DNA a nie na początek więc nie może być gamma)czy γP32-ATP

- matryca

- jeden z 4 dNTP

9) Chcesz syntezować nić DNA co jest do tego NIEZBEDNE??????

- POLIMERAZA DNA

- AKTYWNOSĆ EGZONYKLEAZOWA 3---5'- to nie jest niezbędne. Powstanie co prawda nic z błedami ale nie jest to konieczne

-MAGNEZ- ja to zaznaczyłam (sądzę, że to wynik braku precyzji tego, kto układał pytania a poza tym założyłam, że skoro cała reakcja przebiega albo w roztworze albo w środowisku fizjologicznym - In vivo- więc ten magnez i tak będzie w postaci jonów)

- MATRYCA komplementarna do startera—JAKAS BZDURKA

- matryca 1 lub 2 niciowa- to jest dobrze, gdzieś tak było w Stryerze

-wszystkie 4 dNTP

- wszystkie 4 NTP

10) Pytania dotyczące podjednostek polimeraz RNA(prokariota)- Eucaryota tu było :P

- przyłącza się do sekwencji TATA która u Procaryota jest bliżej niż u eukariota początku transkrypcji( tu było tak ze TATA znajduje sie blizej poczatku transkrypcji niz homologiczna sekw.u Prokariota i to była nieprawda)

- coś tam z białkiem TBP (u Eucaryota)

- coś z białkami regulującymi transkrypcję- SEKWENCJE WZMACNIAJĄCE - działają w układzie cis wiąząc się z czynnikami transkrypcji działającymi w trans

11) Pytania dotyczące DNA I , II , II polimeraz?? Dokładniej Polimerazy DNA zależnej od DNA

12) Pytanie odnośnie immunoprecypitacji,

- przeciwciało łączy się do Lys na N' końcu

13 represora λ

- gdzie się łączy białko cro i co robi- łączy się z OR3

- kiedy faza lityczna kiedy lizogenna

-w swoim cyklu lizogennym ma taki okres ze powstaje hybryd DNA-RNA
-faza lizogenna jest utrzymywana dzięki działaniu represora lambda

14 ) Zadanie ; Z jądra komórkowego wątroby i mózgu pobrano DNA , ……………………

Wynik eksperymentu ;

- pyatnie dotyczyły ekspresji genów cDNA z komórek wątrobowych czy było ekspresjonowane w takim sam sposób , w komórkach mózgu , wątroby

Ja bym to tak narysowała:

W doświadczeniu pobrano DNA z wątroby i mózgu myszy. Do cDNA dodano dUTP znakowany radioaktywnie oraz coś tam z albuminy A aT bT, specyficzne białko pV i mRNA.

- jak przebiegała ekspresja w wątrobie a jak w mózgu.

- mRNA z wątroby ulega wydajnej translacji w komórkach wątroby(to
był ten rysunek po lewej stronie) bo tam były te kółka zaczernione. i momi,
że bylo tam napisane że to jest cDNA ale ja dalam mRNA, bo cDNA powstaje z
mRNA a nie odwrotnie.

15 ) Footpriting, przeprowadzony został rozdział na kolumnie jonowymiennej - zdjęcie żelu , 20 -dołkowy , 4 pierwsze dołki - markery , standardy , kontrola , w której brak było poszukiwanego białka .

- 9-12 zawiera białko (receptor )—źle???? Jak dla mnie to na pewno dobrze!

- 18 na pewno ma białko represorowe

- O to analizowany związek

- NF to analizowany związek po przejściu przez kolumnę jonowymienną

16) Pytanie dotyczące usuwanie deaminowanej Cytozny do uracylu w DNA

- enzymy usuwające tą mutacje - proces naprawy -glikozydaza uracylowa, potem endonukleaza AP, polimeraza DNA i ligaza na końcu

- czy da to mutację CG - AT w niciach potomnych

- coś z tyminą , że jest obecna w RNA, mimo że koszt energetyczny syntezy jest wiekszy niż w uracylu , występującym w RNA

- mutacje w DNA są widoczne we wszystkich następnych pokoleniach

- jeżeli jest w mRNA to w znaczący sposób wpływa na ekspresję (nieprawda bo mRNA nie ma tak dużego naczenia na ekspresję)

- jest to spontaniczna modyfikacja prowadzi do powstania nowych kodonów

17) Chyba cos z helisą A-DNA

-RNA_RNA -

-DNA RNA - mają one kształt helisy A-DNA

18) Pytanie o kod genetyczny

- jest zdegenerowany bo coś tam z kodonami- to było źle(tzn jest zdegenerowany ale z innego powodu)

- ogólnie cechy kodu genetycznego

- jest uniwesalny jego uniwersalnosc jest prawie absolutna''-dobra odp w stryerze jest

- ma 64 kodony kodujące 20 aminokwasów- chyba 61 i 3 kodony stop

- nie ma znaków przecinkowych

19) Holoenzym polimerazy RNA

- bierze udział w inicjacji elongacji i terminacji - tutaj już nie jestem pewna.zaznaczyłam ze tak ale teraz mi się wydaje, że to jest zła odpowiedź, bo przeciez holoenzym to wszystkie podjednostki a podjednostka sigma oddysocjowuje na początku już wiec chyba nie ierze udzialu w terminacji…)

- łączy się z miejscem paromotorowym dopiero po oddysocjowaniu jednej z podjednostek- nie bo sigma oddysocjowuje już jak zachodzi polimeryzacja)

- ma po 1 podj. Alfa beta gamma i delta 2alfa, 1beta, 1 beta', 1sigma

20) Redagowanie RNA

- doadkowa zmiennosc genetyczna

-Zachodzi już po transkrypcji

-Zachodzi przy udziale enzymów, np. polimerazy poli(A) (inny przykład to deaminaza przy Apolipoproteinie B 100 i 48)

-zachodzi autokatalitycznie- raczej nie

21) Represory transkrypcji u Eucaryota

22) Acylacja na końcu N' histonów - co jest tego skutkiem, co jest acylowane, jak zachodzi deacylacja kiedy rozluźnia się nić (coś tam z Euchromatyną)

- czy łańcuch te są dodatnio naładowane przez Arg i Lys- w starych notatkach znalazłam, ze też arginina tam jest a nie tylko lys

23) 2 pytania były dotyczące CHIP, jakieś podobne odpowiedzi były- chodziło o immunoprecypitacje chromatyny-> patrz pytanie 25

24)TOPOIZOMERAZY

- top. 1 rozcina 2 nici top. 2 jedną - źle na odwrót

- zmieniają liczbę opleceń -

- wymagają ATP - nie tylko Giraza wymaga

- przekształcają topoizomery, rozcinają DNA

- żadna poprawna

25) Immunoprecypitacją

dotyczy to euchromatyny (czyli tej rozwiniętej chromatyny), tzn ze te przeciwciała związą się z euchromatyną(bo tam jest fragment rozpleciony czyli grupy acetylowe są na wierzchu)

Heja. Słuchajcie,dopisuję jeszcze co sama zapisałam.Te odp mogą się

powtarzać,bo zbytnio nie mam czasu dokładnie spr ze skanem

koleżanki.Czegoś nie ma,albo mam bardziej rozbudowane,to piszę :)

Pyt.4:

- odwrotna transkryptaza syntetyzuje nić DNA a matrycą do syntezy jest RNA

- występuje etap gdzie o.t. tworzy DNA wirusowego RNA i potem integracja

z chromosomem gospodarza

Pyt.5:

Tutaj była odpowiedz wszystkie cztery trifosforany deokyrybonukleotydów

i to jest błędna odpowiedz

Pyt.6:

-kod genet. nie ma znaków przestankowych-prawda

A z tymi kodonami to jest niepoprawna odp.

Pyt.9:

- w przeciwieństwie do promotorów prokariotycznych,eukariot.wiążą

cząsteczki dimerowe

Pyt.11:

-krótkie odcinki DNA komplementarne do startera

Pyt.13:

-synteza beta-galaktozydazy i 3 enzymow(permeazy i transacetylazy)jesli

kompleks CAP-cAMP przylaczony do operatora

Pyt 14:

- euchromatyna zaw. reszty lizyny tylko

-heterochromatyna zaw. reszty argininy tylko

-reguly rzadzace modyfikacjami hostonow to zw. hipotezą kodu

histonowego(prawda)

pyt.15:

-moga miec wiecej niz 1 aktywnosc

-reguluja transkr. przez dołączanie jednotek co prowadzi do acetylacji

N-koncow

---