Ochrona gatunkowa roślin i zwierząt ma na celu zabezpieczenie dziko występujących roślin lub zwierząt i ich siedlisk, w szczególności gatunków rzadko występujących, endemicznych, podatnych na zagrożenia i zagrożonych wyginięciem oraz objętych ochroną na podstawie umów międzynarodowych, a także zachowanie bioróżnorodności. Minister środowiska publikuje okresowo w formie rozporządzeń listy gatunków roślin i zwierząt, które objęte są ochroną gatunkową.
W stosunków do zamieszczonych na listach gatunków i ich siedlisk obowiązuje system ograniczeń, zakazów i nakazów, określony w ustawie o ochronie przyrody z dnia 16 października 1991 r. wraz z późniejszymi zmianami z 2001 r.
Lista roślin i grzybów - rozporządzenie z dnia 11.09.2001 r.
Lista zwierząt - rozporządzenie z dnia 26.09.2001 r
W zależności od statusu danego gatunku, stopnia zagrożenia i jego wrażliwości na zmiany środowiska, wprowadza się ochronę ścisłą lub częściową. Ochroną ścisłą obejmuje się rośliny szczególnie rzadkie (endemity, gatunki o niewielkiej liczbie stanowisk w skali kraju) lub zagrożone (gatunki na granicach zasięgu, o niewielkich populacjach lub związane z siedliskami szczególnie wrażliwymi na przekształcenia). Ochronę częściową stosuje się w odniesieniu do gatunków, które w chwili obecnej nie są zagrożone, jednak w przypadku ich niekontrolowanego pozyskiwania lub eliminowania należy się spodziewać pogorszenia ich statusu. Dotyczy to np. roślin leczniczych pozyskiwanych ze stanowisk naturalnych, grzybów zbieranych dla celów konsumpcyjnych, czy też w przypadku zwierząt - gatunków powodujących znaczne szkody w gospodarce, których populacje mogą być (zgodnie z ustawą o ochronie przyrody) w uzasadnionych przypadkach celowo redukowane.
Wojewoda na podległym mu obszarze może wprowadzić na czas określony ochronę gatunkową roślin i zwierząt, które nie znalazły się w rozporządzeniu ministra środowiska, a ich sytuacja na terenie województwa (rzadkość występowania lub zagrożenie) wymaga jej zastosowania. W województwie śląskim do chwili obecnej żaden z wojewodów z uprawnień tych nie skorzystał.
Wykaz roślin i grzybów objętych ochroną gatunkową w Polsce był w ciągu ostatnich 10 lat dwukrotnie zmieniany i uzupełniany, w miarę postępu badań nad gatunkami zagrożonymi. Najnowsze rozporządzenie ministra środowiska z dnia 11 września 2001 r. w sprawie określenia listy gatunków roślin dziko występujących objętych ochrona gatunkową ścisłą i częściową oraz zakazów właściwych dla tych gatunków i odstępstw od tych zakazów, oprócz nowelizacji wykazów gatunków roślin naczyniowych oraz porostów i grzybów, po raz pierwszy wprowadza również ochronę niektórych gatunków mszaków.Spośród gatunków występujących współcześnie na terenie województwa śląskiego ochroną ścisłą objętych jest: 15 gatunków grzybów, 79 gatunków porostów, 4 gatunki mszaków, 16 gatunków paprotników i 110 gatunków roślin nasiennych. Kryterium "dzikiego występowania" nie spełnia 6 gatunków roślin naczyniowych, których stanowiska na tym terenie mają charakter wyłącznie synantropijny (gatunki zbiegłe z hodowli lub celowo sadzone). Są to: jarząb szwedzki, łyszczec wiechowaty, rokitnik zwyczajny, śniedek cienkolistny, śnieżyca wiosenna, wielosił błękitny.Pod ochroną częściową pozostają: wszystkie grzyby wielkoowocnikowe (oprócz tych, które objęto ochroną ścisłą), jeden gatunek porosta, około 45 gatunków mszaków (w tym ok. 30 gatunków z rodzaju torfowiec) i 25 gatunków roślin nasiennych.
W grupie roślin i grzybów chronionych są gatunki występujące z różną częstością na terenie województwa. Obok dość pospolicie spotykanych, jak np. mech płonnik, kopytnik pospolity, bluszcz pospolity, są także gatunki bardzo rzadkie, występujące na pojedynczych stanowiskach, np. cebulica dwulistna, języczka syberyjska, wiśnia karłowata.
Wykaz chronionych gatunków zwierząt zawarty jest w rozporządzeniu ministra środowiska z dnia 26 września 2001 r. w sprawie określenia listy gatunków zwierząt rodzimych dziko występujących objętych ochroną gatunkową ścisłą i częściową oraz zakazów dla danych gatunków i odstępstw od tych zakazów. Ponadto wokół miejsc rozrodu i regularnego przebywania niektórych gatunków chronionych wyznacza się strefy ochronne. Sposoby ochrony, jak również związane z tym ograniczenia, nakazy i zakazy, określa ustawa z dnia 16 października 1991 r. o ochronie. Przede wszystkim zabrania się chwytania, przetrzymywania i zabijania chronionych gatunków zwierząt oraz niszczenia ich miejsc rozrodu. W przypadku zwierząt, dopełniającą formą ochrony gatunkowej jest częściowa ochrona zwierzyny łownej (okresy ochronne) oraz niektórych użytkowanych gospodarczo gatunków ryb i raków (okresy i wymiary ochronne). Regulują ją przepisy prawa łowieckiego - rozporządzenie ministra środowiska z dnia 10 kwietnia 2001 r. w sprawie ustalenia listy gatunków zwierząt łownych oraz określenia okresów polowań na te zwierzęta rozporządzenie ministra rolnictwa i rozwoju wsi z dnia 12 listopada 2001 r. w sprawie połowu ryb oraz warunków chowu, hodowli i połowu innych organizmów żyjących w wodzie. Ustalają one okres ochronny, w którym dochodzi do rozrodu i odchowu młodych (w przypadku ryb - tarła) oraz okres pozyskiwania danego gatunku. Ponadto, mocą ustawy z dnia 18 kwietnia 1985 r. o rybactwie śródlądowym w ramach obwodów rybackich mogą być ustanawiane obręby ochronne, w których zabrania się połowu oraz czynności szkodliwych dla ryb. Chronią one miejsca stałego tarła i rozwoju narybku oraz gromadnego zimowania, bytowania i przepływu ryb.
Współczesna strategia ochrony przyrody silnie łączy ochronę gatunkową zwierząt z ochroną ich siedlisk. W obliczu wciąż postępujących przekształceń środowiska naturalnego, zwłaszcza na obszarach gęsto zaludnionych, sama ochrona gatunkowa zwierząt nie daje gwarancji ich zachowania. Jedynie całościowa ochrona biotopów będących siedliskiem zagrożonych gatunków, na wystarczająco dużych powierzchniach połączonych korytarzami ekologicznymi, może zapobiec ich zanikaniu.
Zasada ochrony siedlisk przyrodniczych została wprowadzona do polskiego ustawodawstwa ochrony przyrody, ustawą z dnia 7 grudnia 2000 roku o zmianie ustawy o ochronie przyrody, która weszła w życie z dniem 2 lutego 2001 roku. Zasada ta została wymuszona koniecznością dostosowania polskiego prawa do ustawodawstwa ochrony przyrody, obowiązującego w Unii Europejskiej (Dyrektywa Rady Wspólnot Europejskich 92/43/EWG z dnia 21 maja 1992 r. w sprawie ochrony siedlisk naturalnych oraz dzikiej fauny i flory - Dyrektywa Siedliskowa), w związku ze staraniami Polski o członkostwo we Wspólnocie. Ochrona siedlisk przyrodniczych ma na celu ich utrzymywanie poprzez zachowanie, właściwe wykorzystanie oraz odnawianie lub przywracanie do właściwego stanu.
Pod pojęciem siedliska przyrodniczego rozumie się obszar lądowy lub wodny, naturalny lub półnaturalny, wyodrębniony w oparciu o cechy geograficzne, abiotyczne i biotyczne, posiadający swoistą strukturę i sposób funkcjonowania.
Właściwy stan siedliska to taki, w którym naturalny zasięg siedliska oraz tereny mieszczące się w obrębie tego zasięgu są stałe lub zwiększają się, specyficzna struktura i funkcje konieczne do jego długotrwałego zachowania istnieją i będą istnieć w dającej się przewidzieć przyszłości, a stan tworzących go gatunków roślin lub zwierząt jest właściwy.
Stan gatunku jest właściwy, jeżeli spełnione są następujące kryteria: dane o dynamice liczebności populacji tego gatunku wskazują, że gatunek utrzymuje się w skali długoterminowej jako trwały składnik swojego siedliska, zasięg gatunku nie zmniejsza się ani też nie ulegnie zmniejszeniu w dającej się przewidzieć przyszłości oraz istnieje i będzie istniało w przyszłości siedlisko wystarczająco duże, aby utrzymać te populacje przez dłuższy czas.
W obowiązującej obecnie ustawie o ochronie przyrody z dnia 16 października 2001 roku) ochrona siedlisk nie jest formą ochrony przyrody. Siedliska przyrodnicze poddaje się pod ochronę w drodze ustanowienia przez właściwy organ formy ochrony przyrody, wybranej spośród wymienionych w ustawie: parku narodowego, rezerwatu przyrody, parku krajobrazowego, obszaru chronionego krajobrazu, pomnika przyrody, stanowiska dokumentacyjnego, użytku ekologicznego lub zespołu przyrodniczo-krajobrazowego. Rozporządzeniem ministra środowiska z dnia 14 sierpnia 2001 r. w sprawie określenia rodzajów siedlisk przyrodniczych podlegających ochronie, wprowadzono w Polsce ochronę 95 rodzajów siedlisk. Przy ich określaniu kierowano się potrzebą ochrony siedlisk zagrożonych zanikiem, mających ograniczony zasięg terytorialny, wynikający z właściwości przyrodniczych charakterystycznych dla regionu przyrodniczo-klimatycznego, a także potrzebą zachowania różnorodności biologicznej.Dane dotyczące liczby i rozmieszczenia gatunków chronionych ulegają zmianom. W miarę postępu badań terenowych, pojawiają się nowe informacje o odkryciu stanowisk kolejnych gatunków, czy też zaniku miejsc występowania wcześniej obserwowanych. Czasami gatunki uznane za wymarłe przypadkiem odnajdywane są na nowych miejscach.