/
■ możliwość sortowania i identyfikacja poszczególnych chromosomów,
■ możliwość określenia ploidalności komórek przez zmianę
ilości DNA w jądrze komórki (diagnozowanie chorób nowotworowych),
■ precyzja pomiaru,
■ duża szybkość pomiaru (1000 pomiarów/sekundę),
■ automatyzacja pomiaru.
■ brak możliwości identyfikacji niektórych chromosomów (9 - 12),
■ w przypadku heteromorfizmu trudności w interpretacji wyników:
s brak możliwości rozpoznawania aberracji, nie wykazujących zmian zawartości DNA w chromosomach (np. inwersja, miejsca złamań).