• naniesienie zawiesiny bakterii za pomocą pipety do celek z wysuszonymi pożywkami;
• inkubację w optymalnej temperaturze przez odpowiedni czas;
• odczyt wyników za pomocą odpowiednich tabel, książek kodowych lub komputerowo (przy specjalnych wersjach testów API). Niektóre testy wymagają użycia dodatkowych odczynników, zawsze dołączonych do zestawu identyfikacyjnego pakietu testowego.
Ułatwieniem analizy mikrobiologicznej innego rodzaju jest użycie tzw. podłoży chromogennych, które zawierają określony składnik wywołujący charakterystyczne zabarwienie kolonii. Najbardziej znane pożywki tego typu to pożywki Rambacha i Chromocult firmy Merck oraz coli ID i SM ID firmy bioMerieux, pozwalające rozróżniać bakterie Salmonella, Proteus i pałeczki grupy coli. Innego rodzaju pożywki do wykrywania pałeczek grupy coli i E. coli jest zaproponowany przez firmę Merck bulion LMX (Fluoro-cult), zawierający, oprócz substancji chromogennej, związek fluoryzujący podczas naświetlania pożywki promieniowaniem UV, ale tylko wtedy, gdy w bulionie rozwinęła się E. coli.
Serologiczne metody badań identyfikacyjnych są oparte na reakcjach między antygenami i przeciwciałami. Reakcje te mają duże znaczenie w diagnostyce chorób zakaźnych. W badaniach serologicznych używanych w celach identyfikacji bakterii najczęściej stosuje się odczyny aglutynacji i precypitacji. Odczyn aglutynacyjny można przeprowadzić na szkiełku przedmiotowym, na które nanosi się dużą kroplę surowicy (zawierającej odpowiednie przeciwciała), a obok kroplę jałowego roztworu fizjologicznego soli kuchennej. Do obydwu kropli wprowadza się po oczku badanej kultury. Po dokładnym wymieszaniu zawiesiny komórkowej obserwuje się w przypadku pozytywnym zlepienie komórek w formie kłaczków, co dowodzi reakcji antygenu z przeciwciałem. Badanie takie można stosować w identyfikacji rodzaju Salmonella. W reakcji precypitacji - po nawarstwieniu (w małych probówkach) surowicy i antygenu - obserwuje się zmętnienie i następnie wytrącenie komórek badanej zawiesiny na granicy warstw. Reakcje te stosuje się w diagnostyce paciorkowców.
Na podstawie biochemicznych i morfologicznych cech badanego drobnoustroju możemy dokonać jego identyfikacji. Wyznaczanie podobieństwa między szczepem badanym (A) a wzorcowym (B) wyrażamy współczynnikiem Jaccardda-Sneatha:
87