Najczęstsze czynniki etiologiczne:
pałeczka okrężnicy (Escherichia coli),
R inne drobnoustroje jelitowe - Proteus sp.; Klebsiella, Enterobacter,
R paciorkowce grupy B u noworodków .
ZUM mogą być także następstwem zabiegów diagnostycznych i leczniczych u dziecka hospitalizowanego i wówczas etiologia jest odmienna: pałeczki Pseudomonas aeruginosa,
I* enterokoki
R drożdżaki z rodzaju Candida.
Obecność w próbce moczu takich bakterii jak gronkowiec złocisty, Corynebacterium sp. lub Lactobacillus u dziecka bez niedoborów odporności wskazuje na zanieczyszczenie próbki moczu podczas pobierania na posiew.