Podstawową zasadą leczenia ZUM u dzieci jest zastosowanie w pierwszych godzinach choroby takiego antybiotyku, który obejmuje swoim spektrum działania większość uropatogenów i umożliwia osiągnięcie terapeutycznego stężenia we krwi i w tkankach (p. tabela). Kryteriów tych nie spełniają.ani furagina, ani nitrofurantoina czy kwas nalidyksowy.
We wstępnym leczeniu lżejszych postaci ZUM najczęściej stosuje się u dzieci cefaiosporyny IIgeneracji lub penicyliny pćłsyntetyczne z inhibitorem beta-laktamaz. U starszych dzieci, które nie są w ciężkim stanie, można we wstępnym leczeniu zastosować także kotrimoksazoi
U niemowląt i dzieci w ciężkim stanie klinicznym leczenie należy prowadzić w szpitalu, a przez pierwsze 2-3 dni antybiotyk trzeba podawać dożylnie, a następnie doustnie pod kontrolą lekarza.