Dla ustalenia sposobu leczenia i rokowania istotne znaczenie ma różnicowanie między odmiedniczkowym zapaleniem nerek a zakażeniem dróg moczowych. Uzasadnione jest założenie, że każde ZUM w pierwszych 3 latach życia obejmuje tkankę nerkowa, U starszych dzieci pomocne w różnicowaniu sa.objawy choroby.
W przypadkach wątpliwych stwierdzenie przyspieszonego OB, podwyższonej leukocytozy i zwiększonego stężenia białka C-reaktywnego przemawia za odmiedniczkowym zapaleniem nerek.
Największa, wartość diagnostyczna, ma jednak statyczne badanie scyntygraficzne nerek z użyciem znakowanego izotopem technetu (99mTc) DM5A lub statyczno-dynamiczne z użyciem EC lub MAG 3 znakowanych -"Tc. Badania te umożliwiają wykazanie świeżych zmian zapalnych w nerce, a w późniejszym okresie - pozapalnych blizn.