20120627451

'7 •

Uaiu

u

J&LsacL*Łi. .if*    i/j«A iijJiA iUumt.

1. Która z wymicntonjtK purr («»gtj«ł/w    *!•* P‘.,/uUlWMÓ tldluku s\jnkruwnlnnvc\t

homo logów fo ruskim siojmlu fttnltAAfftet wm kklCWknc jl)/

o BLASTp i BLAST> o megaBLAST i BLAT o PHI-BLAST i PSI-BLAST

2- Które stwierdzenia dotyczące dopasowani* JVJSA «t lii uwó/.lwr o HMMs gives much less semllltt    limu li udUUillul iachnlquas.

o Hidden Markov modejs (H MV >) a/e "cójildtc»" thii ilutriiliti Ulu probabtbty nt hiwmg .i particular amino acid residua at arra»na4 In u Pilwnn ul MSA o HMMs are probabiHstic moddi

3. Czy Pfam HMM podaje podczas df/paviW4ii|n [ii4wdii|ł()dobtelistWQ dlaluitdejpozycjl w badanym aminokwasie? (Prjwds/fłfau!)

4. Uporządkuj proces budowania drze-wa ftluiprnelycziiego (od 1 do 5y. | multjple sequence ilignment i tree-building

-    models of substitution

-    selecting sequences I tree evaluaoon

5. Idea molekularnego zegara mole być oparta na; o analizie sekwencji DNA. o analizie strukturalnej DNA o analizie sekwencyjnej białka.

6. Program MECA wykorzystuje: o tylko sekwencje, o tylko sekwencje białka, o sekwencje DNA lub białka.

7. Określenia transversion I transition dotyczą: o zamiany aminokwasów w białkach o zamiany zasad nukleinowych w DNA

8. Jakie rozróżniamy typy analizy BLAST? o tblastn to translacyjna analiza DNA-białko, o analiza DNA-DNA to błastn i tblastx

o blastn i blastp to podstawowe algorytmy do dopasowania w bazie NCB\.

9. Tabele dopasowan sekwencyjnych (P/F).

) PAM 120 odpowiada w przybliżeniu BLOSUM 62 i PAM 120 odpowiada BLOSUM 80 1 PDB i PDBe to ta sama baza danych (Prawda/Fatsz).