Utlenianie takich kwasów odbywa się analogicznie Jak dla kwasów tłuszczowych nasyconych, aż do momentu, kiedy przy węglu trzecim w cząsteczce enoilo-CoA pojawi się wiązanie podwójne.
Wtedy musi dosc do zmiany położenia (przy węglu 2-im) i konfiguracji podwójnego wiązania (z cis na trans):
Reakcja ta katalizowana Jest pizez Izomerozę.