W transmisyjnej mikroskopii elektronowej szczególną uwagę przywiązuje tlą do niezwykle starannego przygotowania cienkich folii, ponieważ tym więcej możemy się dowiedzieć o strukturze badanego materiału, im lepsza będzie jakość preparatu.
Obserwacja cienkich folii w mikroskopie elektronowym daje możliwość wnioskowania o strukturze danego materiału w szerszym zakresie, niż to jest możliwe przy obserwaq'i replik. Na cienkich foliach możemy obserwować takie elementy struktury jak: dyslokacje i układy dyslokacji, błędy ułożenia, bliźniaki, granice ziam i granice międzyfazowe, pola odkształceń występujące wokół wydzieleń itp.
Grubość folii metalicznej „prześwietlanej* przez transmisyjny mikroskop elektronowy zależy od napięcia przyśpieszającego mikroskopu oraz od liczby atomowej badanego materiału. W mikroskopach o napięciu 100 kV można prowadzić obserwację cienkich folii o grubości do około 500 A do 2000 A. Pracując na mikroskopach elektronowych o wyższym napięciu przyspieszającym możemy obserwować folie o większej grubości. Grubość folii jest również uwarunkowana liczbą atomową pierwiastka, z którego wykonujemy folię. Przykładowo, folie z Al mogą posiadać grubość rzędu 3000 A i będą prześwietlane w mikroskopie o napięciu przyspieszającym 100 kV, natomiast grubość folii z uranu nie może przekraczać 1000 A przy tym samym napięciu przyspieszającym.
Przygotowanie folii metalicznej o grubości umożliwiającej jej prześwietlenie w mikroskopie składa się z następujących etapów:
- wycięcie próbki o grubości około 500 jim za pomocą piły z ostrzem diamentowym lub przecinarki elektroiskrowej
- przygotowanie próbki wyjściowej o grubości około 70-100 pm, na przykład poprzez szlifowanie i polerowanie mechaniczne
- wycięcie krążka o średnicy 3 mm za pomocą specjalnej matrycy lub przecinarki ultradźwiękowej (w przypadku materiałów kruchych i twardych)
1 polerowanie (elektrolityczne, chemiczne lub jonowe); jest to bardzo ważny proces mający na celu osiągnięcie wymaganej grubości folii przy zachowaniu gładkiej i nieutlenionej powierzchni.