Funkcje oddechowe w komórce prokariotycznej spełniają drobne twory zwane mezosomami. Są to uwypuklenia błony cytoplazmstycznej i odpowiedniki mitochondriów u Eucaryota. Mezosomy są tez miejscem zakotwiczenia nukleoidu. biorą udział także w tworzeniu nowej błony poprzecznej podczas podziału komórki.
U fotosyntetyzujących bakterii wpuklenia, które oderwały s«ę od błony i zawierają barwniki fotosyntetyzujące nazywane są ciałkami chromatoforowymi. Struktury te pełnią funkcję chloroplastów
W cytoplazmie komórek bakteryjnych mogą tez występować wkręty (inkluzje) substancji zapasowych. Materiałem zapasowym bakiem jest głikogen.