■ Sekwencje insercyjne iS (800 -2000 pz) - na końcach krótkie odwrócone powtórzenia (8-41 pz), a wewnątrz sekwencja kodująca transpozazę (gen tnp). Transpozaza rozpoznaje sekwencje terminalne i docelowe w miejscu wstawienia. Są to transpozony klasy I.
■ Transpozony złożone np. Tn 3 (około 5000 pz). Na obu końcach mają moduł IS. Są to transpozony klasy II
Transpozon Tn3 zawiera geny: (1) tpnA - dla transpozazy, (2) tpnB - dla rezolwazy (odpowiedzialna za rekombinację) i (3) bla - dla laktamazy (oporność na penicylinę).
Tn3 integruje się z plazmidem i razem z nim jest przeniesiony do miejsca wstawienia.
Klasa II obejmuje łagodne bakteriofagi Mu (Mutator) i D108.
Mu wstawia się losowo w każdy obszar genomu bakteryjnego.