Czapeczki MHC i I MHC LI prezentują peptydy na powierzrhni komorki z dwu rożnych przedziałów komórkowych otoczonych błonami
• Cytosoł. który komunikuje się z jądrem przez kompleksy porowe w otoczce jądrowej
• Układ pęcherzyków, do których należy endoplaznulyczne retikulum, aparat Golgiego. endosomy i inne pęcherzyki. Układ pęcherzykowy kontaktuje się z płynem zew natrzkomórkow-ym przez endocytoze.
Patogeny i ich produkty mogą znajdować się zarówno w otosołu jak i w układzie pęcherzykowym.