Działanie systemu nie jest ograniczone do wnioskowania za pomocą metod przeszukiwania. Moduł wykonawczy umożliwia tworzenie i niszczenie obiektów, definiowanie nowych klas danych, wykonywanie operatorów manipulujących bazą wiedzy oraz realizację innych poleceń ze zbioru komend sterujących. Jest to część wykonawcza interpretera.
Każdy język programowania zawiera szereg poleceń. Komendy sterujące są właśnie takim zbiorem poleceń. Zbiór ten nie jest ograniczony i może być rozszerzany poprzez definiowanie kolejnych rozkazów w oparciu o zestaw podstawowy, jak również poprzez dołączenie bibliotek dynamicznych skompilowanych do postaci binarnych. Zakres działania rozkazów nie jest ograniczony i zależy jedynie od projektanta.