Wyróżnia się trzy fazy przebiegu metabolizmu herbicydów w roślinie:
1. Reakcje wstepne
• Utlenianie (a - oksydacja, p - oksydacja - w - oksydacja, hydroksylacja, dealkilacja, rozkład związków pierścieniowych)
• Hydroliza
• Redukcja ( deaminacja)
2. Koniugacja pierwotna polegająca na łączeniu się metabolitów powstałych w fazie 1. z endogennymi substratami roślinnymi;
3. koniugacja wtórna - tworzenie nierozpuszczalnych i labilnych form produktów koniugacji pierwotnej przez dalszą ich koniugację z endogennymi substratami roślinnymi, a następnie wbudowywanie w ściany komórkowe bądź trwale ztrzymywanie w wakuoli