Ze względu na budowę centrum aktywnego proteazy możemy podzielić na:
• serynowe ( zasadowe) - zawierające w centrum aktywnym grupy -OH seryny oraz histydynę i kwas asparaginowy (np. chymotrypsyna, trypsyna);
• aspartylowe ( karboksylowe, kwasowe) - zawierające w centrum aktywnym grupę karboksylową ( np. proteaza HIV, pepsyna);
• cysteinowe (tiolowe ) - ich aktywność jest uwarunkowana obecnością w centrum aktywnym grup -SH ( np. papaina, ficyna);
• metaloproteazy - których aktywność zależy od obecności określonych jonów metali ( np. Zn2+, Ca2+) - należą tu karboksypeptydazy A i B.