Rys. 2.71. Konformacja organicznego fragmentu addycyjnego związku LiBr • glicyloglicyloglicyna. Fragment ten tworzy^w krysztale jon dwubiegunowy
+NH3—CH2—CO—NH—CH2—CO—NH—CH2—COO"
A. Numeracja atomów j długości wiązań (nm)
B. Kąty walencyjne
N(ł)—0(1)—C'(l) |
107,5° |
0(2)—C'(2)—0(2) |
121,4° |
0(1)—C'(l)—N(2) |
117,1° |
N(3)—C'(2)—0(2) |
123,2° |
O(l)-C'(l)-O(l) |
120,9° |
C'(2)—N(3)—0(3) |
122,2° |
N(2)—C'(l)—0(1) |
122,0° |
N(3)—0(3)—C'(3) |
112,9° |
C'(l)—N(2)—0(2) |
120,7° |
0(3)—C'(3)—0(3) |
118,5° |
N(2)—0(2)—C'(2) |
110,5° |
0(3)—C'(3)—0'(3) |
116,2° |
O (2)—C' (2)—N (3) |
115,3° |
0'(3)—C'(2)—0(3) |
125,3° |
C. Kąty konformacyjne (patrz rys. 2.72)
mścienny |
pomiędzy płaszczyzną atomów |
i płaszczyzną atomów | |
Wi |
N(l)Ca(l)C/(l) |
C*(1)C'(1)0(1) |
32° |
COi |
Ca(l)C'(l)N(2) |
C'(l)N(2)Ca(2) |
3° |
0(1)C'(1)N(2) |
C,(l)N(2)Ca(2) |
— 5° | |
<P2 |
C'(l)N(2)Ca(2) |
N(2)Ca(2)C'(2) - |
-62° |
V>2 |
N(2)Ca(2)C'(2) |
Ca(2)C'(2)0(2) |
40° |
co2 |
Ca(2)C,(2)N(3) |
C/(2)N(3)Ca(3) |
5° |
V2 |
0(2)C/(2)N(3) |
C/(2)N(3)Ca(3) |
-4° |
<P3 |
C'(2)N(3)Ca(3) |
N(3)Cot(3)C'(3) |
-3° |
V>3 |
N(2>)C*0)C'(3) |
C0C(3)C/(3)O(3) |
-1° |
V3 |
N(3)Ca(3)C(3) |
Ca(3)C'(3)0'(3) |
178° |
Stosuje się również inny typ modelu (lub rysunek), gdy chodzi o szczególnie wyraźne przedstawienie rozmieszczenia cząsteczek względem siebie (por. rys. 2.63). Jest to model zwarty, czyli model Stuarta, w którym atomy są odcinkami kulistymi o promieniach równych promieniowi Van der Waalsa. Jeżeli istotnie w krysztale występuje zwarte ułożenie cząsteczek, zbudowane w podany sposób modele powinny umożliwiać bezpośrednie stykanie się cząsteczek, co sprowadza do minimum zajętą przestrzeń.
Gdy kryształ jest zbudowany z cząsteczek chiralnych i zawiera tylko jeden izomer optyczny, nie można określić konwencjonalnymi metodami [bezwzględnej konfiguracji cząsteczki, lecz stosuje się do tego metody bardziej skomplikowane (patrz część 4), opracowane przez J. M. Bijyoeta i jego szkołę.
214