31857 skanuj0213 (6)

Rys. 2.72. Kąty konformacyjne łańcucha polipeptydowego A. Kąty skręcenia wiązań łańcucha

0(3)

0(1)

N(l)

C’0)

N(3)    C’(3)

\_a ^'\ X ^ / >1 PT \

c"(l)    ^    N (2)    ip₂ C’(2)    C^a(3)    1//3    O’(3)

et *3

C^a(2)

0(2)

B. Kąty deformacji grupy peptydowej

C «

'X.

,C^a C’ V

X

C“    ' N’    "    'N-

co i v powinny być"równe zeru, jeżeli grupa peptydowa jest ściśle plaska

COC    H

Metody dyfrakcyjne dostarczają informacji nie tylko o strukturze statycznej, lecz również o dynamice cząsteczek w kryształach. Dla każdego z atomów obserwuje się przemieszczenia, prawdopodobnie harmoniczne, których średnie amplitudy kwadratowe zmieniają się zależnie od kierunku drgania, opisując powierzchnię elipsoidalną wokół położenia równowagi. Taka elipsoida drgań atomów jest opisana przez sześć stałych: trzy określają długości osi elipsoidy, trzy pozostałe wyznaczają orientację tych osi w przestrzeni. Obecnie jest dość przyjęte przedstawianie w modelach cząsteczkowych (patrz np. rys. 2.67-2.70) przemieszczeń atomów za pomocą powierzchni elipsoidalnych zamykających obszar wokół położenia równowagi, w którym istnieje jedna szansa na dwie znalezienia w danej chwili jądra atomowego (elipsoida prawdopodobieństwa 50 %).

W kryształach molekularnych siła wiązań kowalencyjnych przewyższa o rząd wielkości siłę wiązań cząsteczkowych. Pozwala to, z dobrym przybliżeniem, podzielić drgania atomów na drgania wewnętrzne w cząsteczce i drgania zewnętrzne stanowiące przemieszczenia

215