Podstawowym substratem jest laktoza.
u bakterii termofilnych laktoza hydrolizowana jest wewnątrz komórki do glukozy i galaktozy ((3-galaktozydaza), glukoza wchodzi w szlak glikolityczny (EMP) bezpośrednio, galaktoza jest przekształcana w ufosforylowaną glukozę w szlaku Leloira.
u bakterii mezofilnych ufosforylowana laktoza jest
hydrolizowana przez fosfo-|3-galaktozydazę do glukozy i
galaktozo-6-fosforanu, który następnie jest przekształcany do fosfodihydroksyacetonu i aldehydu
trifosfoglicerynowego i w takiej postaci są włączane do szlaku EMP.