- masowa - zastosowanie warunków eliminujących fenotyp inny od poszukiwanego
- pośrednia - selekcja mutantów o podwyższonej zawartości metabolitów
- bezpośrednia — identyfikacja i wydzielenie poszukiwanego fenotypu
- selekcja in vivo- in vitro — poszukiwana właściwość jest identyfikowana na roślinie (np. jako sektor komórek, który przenosi się do kultury in vitro i regeneruje