Na terenie parku znajduje się ponad 20 jezior, w tym szczególnie cenne lobeliowe (4) o kryształowo czystej wodzie. Osobliwością są także jeziora dystroficzne (3) oraz obszar tzw. Strugi Siedmiu jezior. Najważniejszymi rzekami są Brda i Czerwona Struga, przepływające przez otulinę parku.