Rafę koralową zamieszkują niewiarygodnie różnorodne zwierzęta, od malutkich szybkich meduz po olbrzymie rekiny. Żółwie morskie występują tutaj tak licznie, jak w żadnym innym miejscu na świecie.
Rafę koralową drąży potężna "armia" zwierząt -m.in. gąbki, robaki, muszle, jeże morskie i ślimaki żywiące się koralowcami.