Dominujące powierzchniowo w parku szuwary turzycowiskowe reprezentowane są przez 14 zespołów roślinnych, szuwary trzcinowe - przez 7 zespołów, a roślinność wodna przez 12 zespołów. Poza tym występują tu zbiorowiska łąkowe i ziołoroślowe oraz 2 zespoły zarośli wierzbowych i 4 zespoły leśne. Na grądzikach wśród bagien spotyka się roślinność kserotermiczną. W wielu miejscach zachowały się zbiorowiska emersyjne z roślinnością turzycowo-mszystą aż do strefy olszyn bagiennych, usytuowanych na obrzeżach doliny. Wiele zbiorowisk należy do rzadko spotykanych w kraju. Na bagnach i terenach zabagnionych występuje blisko 200 gatunków roślin naczyniowych, w tym 13 objętych
ochroną gatunkową.