28221

Bioinformatyka ĆWICZENIE 7

1.    Zasady stosowania pakietu SAS - prezentacja.

2.    Omówienie programu SAS stosowanego na ćwiczeniach.

3.    Samodzielne przygotowanie programu w SAS służącego do obliczabia wsp. rekombinacji pomiędzy markerami z własnego zbioru danych:

•    przeliczyć wsp. rekombinacji na cM przy użyciu funkcji Haldane'a

•    przeliczyć wsp. rekombinacji na cM przy użyciu funkcji Kosambi

Wzór programu:

/* czytanie danych */ data REKOMB ;

z danymi]" ; osobnika */

1 i 2 w markerze 1 */ 1 i 2 w markerze 2 */ 1 i 2 w markerze 1 */

infile "[podać ścieżkę i nazwę pliku input 01    ID    /*    numer

03    L1A1    04    L1A2    /*    allel

06    L2A1    07    L2A2    /*    allel

08    L3A1    09    L3A2    /*    allel

(kontynuować dla wszystkich markerów]

*/

/* tworzenie haplotypów dwumarkerowych data REC1 (keep=H12) ; set REC ;

H12=L1A1*10+L2A1 ; output ;

H12=L1A2*10+L2A2 ; output ;

[kontynuować dla pozostałych par markerów: 2-3, 3-4 itd.] run ;

/* obliczanie liczebności poszczególnych haplotypów */ proc freq data=RECl ;

tables H12 / out=COUNTHAP12 ;

tables H23 / out=COUNTHAP23 ; [dla pozostałych haplotypów] run ;

/* sortowanie haplotypów wg liczbności */ proc sort data=COUNTHAP12 ; by COUNT; run ; proc sort data=COUNTHAP23 ; by COUNT; run ;

/* obliczanie wsp. rekombinacji i cM wg funkcji Haldane*a */ [kontynuować dla pozostałych haplotypów] data C0UNTHAPal2 ; retain NO; set C0UNTHAP12 ;

N=N+1 ; run ;

data REC2 ;

retain REC 0 NREC 0 ; set C0UNTHAPal2 ;

if N=1 or N=2 then REC=REC+COUNT ; else if N=3 or N=4 then NREC=NREC+COUNT ; RECOMBINATION=REC/(REC+NREC) ;

HALDAN E_CM=-0.5*log(l-2* RECOMBINATION) ; run ;

proc print data=REC2 ; run ;