Optymalnie próbki powinny być pobrane przed rozpoczęciem leczenia i pochodzić z tkanek zmienionych chorobowo, zawierają wówczas największą liczbę cząstek/antygenów wirusowych.
W diagnostyce infekcji górnych dróg oddechowych wykorzystuje się przede wszystkim: wymazy z nosa i gardła, aspiraty z nosogardzieli i popłuczyny z nosa, natomiast w zakażeniach dolnych dróg oddechowych: aspiraty z tchawicy, plwocinę, popłuczyny z drzewa oskrzelowego lub bioptaty płuc.
Materiał powinien być dostarczony do laboratorium natychmiast po pobraniu (wyjątkiem od tej reguły są materiały do badań molekularnych, które mogą być przechowywane w temperaturze 5 ± 3°C przez 48 godzin od momentu ich pobrania)
Jeśli wykonanie analiz nie jest możliwe w ciągu 48-72 godzin, materiał powinien być zamrożony w temperaturze -70°C
Wstępne opracowanie materiału (dodanie antybiotyku)
Diagnostyka zakażeń wywoływanych przez wirusy opiera się na:
Ujawnieniu obecności wirusa w organizmie poprzez jego wyizolowanie, namnożenie i zidentyfikowanie lub poprzez wykrycie jego antygenów lub kwasu nukleinowego w materiale klinicznym.
Ocenie odpowiedzi immunologicznej organizmu na zakażenie ( obecność lub wzrost miana określonych przeciwciał).
Identyfikacja wirusa w mikroskopie: efekt cytopatyczny; ciałka wtrętowe
Zastosowanie odczynów serologicznych w diagnostyce schorzeń wirusowych (odczyny wiązania dopełniacza, neutralizacji, zahamowania hemaglutynacji lub hemadsorpcji, immunofluorescencji, immnuenzymatyczne, radioimmunologiczne, lateksowe)
Namnażanie na wrażliwych żywych komórkach (hodowle tkankowe, komórkowe, zarodki ptasie)
Zastosowanie metod biologii molekularnej