Przekształcenie SCE 9SCE może zostać przekształcona w spółdzielnię podlegającą prawu państwa członkowskiego, w którym mieści się jej siedziba statutowa, przy czym uchwała o przekształceniu nie może zostać podjęta przed upływem dwóch lat od zarejestrowania lub przed zatwierdzeniem sprawozdań finansowych za dwa pierwsze lata obrotowe (art. 76 ust. 1 rozporządzenia). Przekształcenie SCE w spółdzielnię nie prowadzi do jej rozwiązania ani do powstania nowej osoby prawnej (art. 76 ust. 2 rozporządzenia).
Organ zarządzający lub organ administrujący SCE sporządza plan przekształcenia oraz sprawozdanie wyjaśniające i uzasadniające aspekty prawne i ekonomiczne przekształcenia, jak również jego wpływ na zatrudnienie, oraz wskazujące skutki przyjęcia formy spółdzielni dla członków i posiadaczy udziałów określonych w art 14 rozporządzenia oraz dla pracowników. Plan przekształcenia musi zostać ogłoszony w sposób określony przez prawo każdego z państw członkowskich, przynajmniej na miesiąc przed walnym zgromadzeniem zwołanym w celu podjęcia uchwały o przekształceniu. Przed walnym zgromadzeniem, które ma zatwierdzić plan przekształcenia, jeden lub kilku niezależnych biegłych wyznaczonych lub dopuszczonych zgodnie z przepisami prawa krajowego przez sąd lub organ administracyjny w państwie członkowskim, którego prawu podlega SCE przekształcana w spółdzielnię, zaświadczają, że spółdzielnia ta dysponuje aktywami w wysokości równej co najmniej jej kapitałowi. Walne zgromadzenie SCE zatwierdza plan przekształcenia wraz ze statutem spółdzielni. Uchwała walnego zgromadzenia podejmowana jest zgodnie z przepisami prawa krajowego (art. 76 ust. 3-6 rozporządzenia).
Podobnie jak w przypadku spółki europejskiej, należy przyjąć, iż SCE może ulec przekształceniu nie tylko w spółdzielnię prawa krajowego, ale również w inne krajowe struktury organizacyjne, jeżeli prawo krajowe dopuszcza możliwość takiego przekształcenia spółdzielni krajowych. Przemawiają za tym te podobne względy jak te, które dotyczą spółki europejskiej (SE).