Centra Uniwersyteckie i inne jednostki organizacyjne
1. Uniwersyteckie Centrum Archeologii Średniowiecza i Nowożytności
2. Uniwersyteckie Centrum Badań nad Dziejami Transferu Kultury w Europie Środkowej
3. Uniwersyteckie Centrum Badań Nieliniowych im. J. P. Schaudera
4. Interdyscyplinarny Zespół Metod Datowania
5. Interdyscyplinarny Zespół Ochrony i Kształtowania Środowiska
6. Interdyscyplinarny Zespół Optycznych Metod Wczesnego Wykrywania Nowotworów
7. Krajowe Laboratorium Fizyki Atomowej, Molekularnej i Optycznej (KL FAMO)
8. Centrum Przywództwa i Społecznej Odpowiedzialności Biznesu
Jednostki usługowe
1. Szpital Uniwersytecki Nr 1 im. dr. Antoniego Jurasza w Bydgoszczy
2. Szpital Uniwersytecki Nr 2 im. dr. Jana Biziela w Bydgoszczy
3. Wydawnictwo Naukowe UMK
4. Centrum Brytyjskie przy UMK w Toruniu
5. Akademicka Przychodnia Lekarska
W 2009 roku zostały utworzone:
1. Wydział Politologii i Studiów Międzynarodowych;
2. II Katedra Kardiologii na Wydziale Nauk o Zdrowiu;
3. Katedra Chirurgii Onkologicznej na Wydziale Nauk o Zdrowiu;
4. Zakład Historii Nauki w Instytucie Historii i Archiwistyki na Wydziale Nauk Historycznych;
5. Zakład Historii Sztuki i Kultury Polskiej na Emigracji w Katedrze Historii Sztuki i Kultury na Wydziale Nauk Historycznych;
6. Zakład Źródłoznawstwa i Edytorstwa w Instytucie Historii i Archiwistyki na Wydziale Nauk Historycznych;
7. Zakład Analizy Funkcjonalnej na Wydziale Matematyki i Informatyki;
8. Zakład Radiologii i Diagnostyki Obrazowej na Wydziale Nauk o Zdrowiu;
9. Zakład Pozytonowej Tomografii Emisyjnej i Diagnostyki Molekularnej na Wydziale Nauk o Zdrowiu;
10. Klinika i Zakład w II Katedrze Kardiologii na Wydziale Nauk o Zdrowiu;
11. Klinika oraz pracownie w Katedrze Psychiatrii na Wydziale Lekarskim;
12. Oddział Kliniczny Reumatologii i Układowych Chorób Tkanki Łącznej na Wydziale Nauk o Zdrowiu;
13.Oddział Kliniczny Medycyny Ratunkowej na Wydziale Nauk o Zdrowiu;
14. Oddziały kliniczne w Katedrze Anestezjologii i Intensywnej Terapii na Wydziale Lekarskim;
15. Pracownia Genomiki Funkcjonalnej w Instytucie Biologii Ogólnej i Molekularnej na Wydziale Biologii i Nauk o Ziemi;
16. Studia stacjonarne drugiego stopnia na kierunkach prowadzonych na Wydziale Filologicznym;
17. Studia stacjonarne drugiego stopnia na kierunku historia sztuki na Wydziale Nauk Historycznych;
4