•skóra i tkanka podskórna •wydzielina z kanału szyjki macicy, pochwy, cewki moczowej
•płyn mózgowo-rdzeniowy
•plwocina, BAL, aspiraty z oskrzeli i płuc
•wymazy z oka
•płyn z opłucnej, otrzewnej
•wymaz z gardła
WYJĄTKI: podejrzenie zakażenia błonicą anginy Plauta-Vincenta podejrzenie zakażenia grzybiczego
•kał
WYJĄTKI: kał od noworodków podejrzenie zakażenia kampylobakteriozą podejrzenie zakażenia cholerą