1. Zakład Biotechnologii
Pracownia Procesów Biodegradacyjnych Pracownia Bioreaktorów
Pracownia Mikrobiologii Ogólnej i Przemysłowej Pracownia Genetyki Biochemicznej Pracownia Biochemii Pracownia Enzymologii
Pracownia Biotechnologicznych Podstaw Żywienia Człowieka Pracownia Podłoży i Hodowli Szczepów
2. Zakład Biologii Komórki
Pracownia Mikroskopii Świetlnej i Elektronowej
3. Zakład Ekologii i Ochrony Przyrody
4. Zakład Badań Fizykochemicznych Pracownia Biofizyki i Fizyki Środowiska Pracownia Technologii Informacyjnej Pracownia Chemii Środowiska
1. Zakład Gleboznawstwa i Ochrony Gleb Pracownia Ochrony Agrocenoz
2. Zakład Gospodarki Odpadami i Ściekami Pracownia Gospodarki Odpadami Pracownia Gospodarki Wodno-Ściekowej Pracownia Hydrologii
Pracownia Spektrometrii i Chromatografii
3. Zakład Monitoringu i Zagospodarowania Przestrzennego Pracownia Zagospodarowania Przestrzennego Pracownia Monitoringu
Pracownia Edukacji Ekologicznej
1. Zakład Procesów Jednostkowych
2. Zakład Procesów Dynamicznych
3. Zakład Reaktorów i Technik Separacji
4. Zakład Procesów Cieplnych
5. Zakład Procesów Mechanicznych
6. Zakład Sozotechniki i Sterowania Środowiskiem
7. Pracownia Informatyki i Analizy Numerycznej
1. Laboratorium Fizyki Atmosfery i Hydrologii Stosowanej Pracownia Rewitalizacji Wód i Gleby Pracownia Budownictwa Ogólnego i Hydrotechnicznego
Zakład Projektowania Techniczno- Informatycznego Zakład Techniki