Światowa Organizacja Zdrowia wyróżnia 19 histologicznych typów raka naciekającego. Najczęstszym, występującym u około 80% chorych jest rak przewodowy [16]. Rak zrazikowy naciekający rozpoznawany jest w prawie 20%, a pozostałe typy takie jak np. rdzeniasty, cewkowy, śluzowy są rozpoznawane rzadko i wiążą się z bardzo dobrym rokowaniem. Złośliwość histologiczną (cecha G ) określa się na podstawie klasyfikacji Blooma i Richardsona w modyfikacji Elstona i Ellisa [17]. Klasyfikacja ta oparta jest na ocenie zdolności tworzenia cewek, polimorfizmu komórkowego i liczby mitoz. Każdej z tych cech w zależności od stopnia nasilenia przypisywane są punkty, których suma pozwala określić trzy różne stopnie złośliwości raka piersi. Wyróżniamy niski - Gl, pośredni - G2 i wysoki - G3 stopnie złośliwości histologicznej.
Ocena histopatologiczna materiału operacyjnego pozwala na ustalenie rzeczywistych rozmiarów guza (pT), oraz ilości węzłów chłonnych zajętych przez proces nowotworowy (pN). Standardem w diagnostyce histologicznej raka piersi jest także ocena obecności receptorów estrogenowych (ER), progesteronowych (PgR) oraz receptorów ludzkiego naskórkowego czynnika wzrostu typu 2 ( HER2) przy pomocy technik immunohistochemicznych. Ocena histologiczna guza nowotworowego pozwala na ustalenie optymalnego sposobu dalszego postępowania terapeutycznego.
Próbując wyodrębnić grupę kobiet, które odniosą największe korzyści z leczenia uzupełniającego stosuje się (na razie głównie w ramach badań klinicznych) analizę ekspresji szeregu genów w oparciu o techniki mikromacierzy RNA. Molekularne testy diagnostyczne takie jak MammaPrint czy OncotypeDX oparte są o mikromacierze analizujące odpowiednio 70 lub 21 genów związanych z wysokim ryzykiem nawrotu raka piersi umożliwiają zidentyfikowanie chorych, które muszą zostać poddane chemioterapii uzupełniającej.
Dzięki analizie profilu genetycznego w oparciu o techniki mikromacierzy możemy również wyodrębnić podtypy raka piersi takie jak:
7