Często spotykane etapy procesów downstream to:
•Separacja biomasy i podłoża
•Rozbicie komórek
•Zagęszczenie podłoża
•Wstępne oczyszczenie produktu
•Odwodnienie produktu
•Doczyszczenie produktu do 98 - 100% czystości
•Uzyskanie finalnej postaci produktu