Równolegle „zabezpieczał" dobra kultury inny organ powołany przez Hansa Franka. Była to tzw. Komisja Specjalnego Pełnomocnika do Sporządzenia Spisu i Zabezpieczenia Dzieł Sztuki i Zabytków Kultury z Kajetanem Muhlmannem na czele, działająca od połowy listopada 1939 r. do lutego 1940 r. Grupa północna tej Komisji pod wodzą Josefa Muhl-manna zagarnęła z Gabinetu Rycin Biblioteki Uniwersyteckiej kilkaset rysunków, wśród których były 3 cenne prace Albrechta Diirera oraz kilka tomów map i kilkanaście albumów. Ponadto wywiozła przeszło 16 tys. rycin, co stanowiło 17% tego zasobu. Powyższa Komisja skonfiskowała w Bibliotece Narodowej 410 rękopisów pergaminowych oraz 84 rysunki Piotra Aignera, które na krótko wprawdzie udało się z trudem odzyskać, ale potem spłonęły w powstaniu. Z Biblioteki Ordynacji Zamojskiej jeszcze w lutym 1940 r. zagarnięto 21 rękopisów XVI-wiecznych. Natomiast Biblioteka Ordynacji Krasińskich utraciła w ten sposób dyplomy, albumy oraz cenne muzealia.
Według bardzo niedoszacowanych obliczeń można przyjąć, że wskutek zniszczeń we wrześniu i późniejszych grabieży „zabezpie-czycieli”, biblioteki utraciły 600 tys. wol., nie licząc szkód w zrujnowanych budynkach i dewastacji spowodowanych, jak w przypadku Biblioteki Uniwersyteckiej, stacjonowaniem w jej pomieszczeniach batalionu niemieckiej policji.
Straty księgozbiorów powiększały się w kolejnych miesiącach okupacji. Wymienić tu można choćby likwidowane, liczące 500 tys. wol., zbiory zamkniętych 15 listopada 1939 r. 99 warszawskich szkół średnich (gimnazjów i liceów). Oprócz księgozbiorów szkolnych spalonych we wrześniu wiele mogło też trafić na przemiał. Tak stało się z 20 tys. wol. książek ze szkół złożonych w Bibliotece Publicznej, a w 1943 r. wywiezionych przez policję niemiecką do papierni w Jeziornie. Biblioteka Narodowa wprawdzie przyjmowała księgozbiory zlikwidowanych instytucji oraz opuszczone kolekcje prywatne, ale tylko zbiory 25 bibliotek szkolnych znalazły u niej schronienie.
Na zagładę skazane były oczywiście biblioteki i wypożyczalnie żydowskie liczące szacunkowo 260 tys. wol. Niszczono je lub konfiskowano wraz z postępującą likwidacją warszawskiego getta. Cenniejsze zbiory np. Biblioteki Synagogi zostały wywiezione do Głównego Urzędu Bezpieczeństwa Rzeszy, natomiast pozostałości poniewierały się na gruzach getta jeszcze po wojnie.
Administracja niemiecka zamknęła w grudniu 1939 r. Bibliotekę Narodową, w lutym 1940 r. Bibliotekę Uniwersytecką, natomiast Biblioteka Publiczna (podlegająca Zarządowi Miejskiemu Warszawy) funkcjonowała jeszcze do listopada 1942 r.
W okupowanej Warszawie działało około 200 prywatnych wypożyczalni książek, które w pewnym stopniu zastępowały brak bibliotek, a mogły dysponować szacunkowo nawet ponad 600 tys. wol. Urząd Propagandy dystryktu warszawskiego wydawał spisy zakazanych autorów i tytułów nakazując wycofanie literatury wrogiej niemczyźnie, patriotycznej, historycznej, dotyczącej terenów polskich włączonych do Rzeszy. Bibliotekarze ukrywali zagrożone publikacje, np. w okładkach innych tytułów, a zamiast zakazanych książek wycofywali makulaturę.
Po powołaniu w 1940 r. w stolicy GG -Krakowie - Głównego Zarządu Bibliotek z Gustavem Abbem (b. dyrektor Biblioteki Uniwersyteckiej w Berlinie) na czele - rozpoczął się dla największych książnic Warszawy kolejny, trudny okres. Wkrótce Niemcy utworzyli tzw. Bibliotekę Państwową (Staats-bibliothek), której kierownikiem został uniwersytecki bibliotekarz z Wrocławia, slawista Wilhelm Witte. Instytucję tę tworzyły Biblioteka Uniwersytecka, tzw. Oddział I, którego polskim mężem zaufania był b. dyrektor Adam Lewak oraz Biblioteka Narodowa tzw. Oddział II, gdzie tę funkcję sprawował Józef Grycz b. kierownik referatu bibliotek naukowych w Ministerstwie Wyznań Religijnych