• Wyszukiwanie podobieństw - bardzo powszechna czynność stosowana przez firmy farmaceutyczne, wykorzystująca różnorodne narzędzia (podobieństwa dwuwymiarowe lub trójwymiarowe)
• Optymalizacja - jest to najdłuższy i najkosztowniejszy z etapów. Polega ona na modyfikacji struktury pierwszorzędowej i drugorzędowej takich związków. Może się ona odbywać np. przy pomocy programu WABE