Ustawa z dnia 24 sierpnia 2006 r. o podatku tonażowym miała przede wszystkim na celu powstrzymanie niekorzystnego zjawiska rejestrowania statków polskich armatorów w rejestrach innych państw oraz przywrócenie konkurencyjności polskich przedsiębiorstw żeglugowych. U stawa weszła w życie z dniem 1 stycznia 2007 r.
W związku z tym, że podatek tonażowy był elementem pomocy publicznej, polski projekt ustawy musiał podlegać notyfikacji w Komisji Europejskiej. Projekt został przekazany KE w dniu 1 lutego 2006 r. Komisja poddała dokument badaniu wstępnemu, w ramach którego zwróciła się do polskich władz o dodatkowe informacje. Decyzja Komisji Europejskiej w sprawie Pomocy Państwa nr C 34/07 (ex N 93/2006) w sprawie wprowadzenia systemu podatku tonażowego w międzynarodowym transporcie morskim %v Polsce, została wydana w dniu 18 grudnia 2009 r. Zgodnie z jej treścią, podatek tonażowy został uznany za zgodny z wewnętrznym rynkiem UE. Była to jednak decyzja pozytywna „warunkowa”, która umożliwiła stosowanie w Polsce podatku tonażowego od dnia 1 stycznia 2011 r., jednakże wyłącznie w przypadku, gdy Polska wprowadzi odpowiednie zmiany w ustawie z dnia 24 sierpnia 2006 r. o podatku tonażowym. Wydanie decyzji KE, o wyżej przywołanym postanowieniu, spowodowało, że polscy armatorzy nie skorzystali z tej formy opodatkowania w takim zakresie, jak w innych krajach UE.
W wyniku wydania Decyzji Komisji Europejskiej nr C 34/07, pojawił się jeszcze jeden aspekt związany z podatkiem tonażowym. W decyzji, zawarty został bowiem obowiązek dla Polski, wprowadzenia wymogu zgodności prowadzenia działalności z Konwencją Międzynarodowej Organizacji Pracy z 2006 r. o pracy na morzu (Konwencja MLQ. Oznacza to, że tylko taki pracodawca, który spełnia wymogi przepisów Konwencji MLC, będzie mógł skorzystać z systemu podatku tonażowego.
Obecnie Polska prowadzi działania mające na celu ratyfikowanie Konwencji MLC. Te działania zgodne są również z polityką unijną, wyrażoną w Decyzji Rady z dnia 7 czerwca 2007 r. upoważniającą państwa członkowskie do ratyfikowania, w interesie Unii Europejskiej, Konwencji MLC Gdy Polska ratyfikuje Konwencję MLC, wszystkie podmioty zatrudniające marynarzy będą musiały pozostawać w zgodności ze wszystkimi postanowieniami tej Konwencji.
Projektowane zmiany ustawy o podatku tonażowym
Decyzja Komisji z dnia 18.12.2009 r. w sprawie wprowadzenia systemu podatku tonażowego w międzynarodowym transporcie morskim w Polsce wymusiła, w pewnym sensie, nowelizację ustawy o podatku tonażowym z 2006 r. W projekcie ustawy o zmianie ustaw)' o podatku tonażowym oraz ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, proponuje się następujące, najważniejsze rozwiązania:
1) armator, który jest osobą fizyczną lub osobą fizyczną będącą wspólnikiem spółki osobowej, nie będzie mógł odliczać od kwoty podatku tonażowego kwoty składek na ubezpieczenia zdrowotne, uiszczanych w trakcie danego roku podatkowego oraz kwoty składek na ubezpieczenie społeczne od podstaw)' opodatkowania podatkiem tonażów)™, uiszczanych w trakcie danego roku podatkowego;
2) wykonywanie prac przez holowniki i poglębiarki może zostać objęte podatkiem tonażowym w przypadku zastosowania kryterium czasu pracy w transporcie morskim, w ciągu roku podatkowego, przy czym przez usługi transportu morskiego należy rozumieć usługi polegające na przewozie pasażerów i towarów;