Oznaczanie DNA Aspergillus i Pneumocystis jirovecii metodą Real-Time PCR w BAL-u, plwocinie, popłuczynach oskrzelowych -zastosowanie metody w praktyce klinicznej, przykładowe wyniki.
Odczytanie testu biochemicznego (asymilacja, fermentacja) API.
Omówienie zasad wykonywania lekowrażliwości grzybów.
Wykrywanie antygenów grzybiczych.
8a. Ziarniaki Gram-dodatnie i Gram-ujcmnc tlenowe/ względnie beztlenowe
Wejściówka
Ziarniaki Gram-dodatnie, katalazo-dodatnie: Micrococcus, Staphylococcus, Stomatococcus Sarniaki Gram-dodatnie, katalazo-ujemne: Streptococcus, Enterococcus, Aerococcus, Gemella Sarniaki Gram-ujemne: Neisseria, Moraxella
Występowanie, cechy charakterystyczne, czynniki warunkujące chorobotwórczość, najczęstsze postacie kliniczne zakażeń.
Diagnostyka zakażeń wywołanych przez Staphylococcus (S. aureus, S. epidermidis, inne CNS), S. saprophyticus). Cechy charakteiystyczne bakterii należących do rodziny Micrococcaecae, odróżnienie od gronkowców chorobotwórczych. Podział gronkowców na koagulazo(+) i koagulazo (-). Odróżnienie S. saprophyticus od S. epidermidis (test z nowobiocyną). Mechanizmy oporności gronkowców na antybiotyki
(i-lak tamowe oraz na glikopeptydy. Leczenie zakażeń wywołanych przez Staphylococcus (S. aureus, S. epidermidis, inne CNS). Występowanie, cechy charakteiystyczne, czynniki warunkujące chorobotwórczość, najczęstsze postacie kliniczne zakażeń. Struktura antygenowa S. pyogenes. Diagnostyka zakażeń wywołanych przez Streptococcus (grupy serologiczne: A - S. pyogenes, B - S. agalactiae, C - S. eąuisimilis, G - różne szczepy. S. pneumoniae... grupa riridans ). Enterococcus (E. taecalis, E. faecium), Neisseria (N. meningitidis. komensalne gatunki występujące fizjologicznie w jamie ustnej), Moraxella catarrhalis. Mechanizmy wrodzonej i nabytej oporności na antybiotyki i chemioterapcutyki wśród szczepów należących do rodziny Streptococcus i Enterococcus. Leczenie zakażeń o etiologii Streptococcus (grupy serologiczne: A - S. pyogenes, B - S. agalactiae, C - S. eąuisimilis, G - różne szczepy, S. pneumoniae... grupa viridans"). Enterococcus (E. faecalis, E. faecium), Neisseria (N. meningitidis. komensalne gatunki występujące fizjologicznie w jamie ustnej), Moraxella catarrhalis.
Część praktyczna:
Omówienie algorytmów postępowania identyfikującego ziarniaki Gram-dodatnie i Gram-ujemne.
Ocena morfologii różnych kolonii gronkowców na agarze zwykłym, agarze z krwią i podłożu Chapmana. Wykonanie testu na obecność katalazy.
Różnicowanie gronkowców: wykonanie testu sprawdzającego wytwarzanie czynnika zlcpnego (clumping factor, CF) oraz testu probówkowego na wy twarzania koagulazy, ocena wytwarzania DNA-zy. Ocena antybiogramów z gronkowcami: PSSA (wrażliwe na penicylinę), MSSA (wytwarzają penicylinazę). MRSA (oporne na metycylinę - gen mecA), wypisanie wyniku.
Różnicowanie paciorkowców: ocena morfologii kolonii i typu hemolizy paciorkowców hemolizujących. zieleniących i nichcmolizujących, test na katalazę, oglądanie zestawu do różnicowania serologicznego paciorkowców hemolizujących (Strcptokit), ocena testu na optochinę do różnicowania pneumokoków od paciorkowców zieleniących. Demonstracja badania poziomu ASO. testu CAMP.
Ocena antybiogramów z paciorkowcami hemolizującymi i pneumokokami. wypisanie wyniku.
Różnicowanie enterokoków: wzrost na agarze zwykłym, agarze z krwią i D-Coccosel, wykonanie testu PYR. Ocena antybiogramu z enterokoków i HLAR. wypisanie wyniku.
Oglądanie preparatów bezpośrednich z zakażenia dwoinkami zapalenia opon mózgowo-rdzeniowych. Oglądanie zestawu do określenia grupy serologicznej Neisseria meningitidis
Próba odróżnienia Moraxella catarrhalis od Neisseria za pomocą kiążka z glukozą.
Odczytanie testu probówkowego na wytwarzanie koagulazy przez gronkowce.
Wstępna identyfikacja przygotowanych szczepów i wykonanie antybiogramów.
Oglądanie zestawów do różnicowania biochemicznego w/w drobnoustrojów.
Oglądanie preparatów bezpośrednich z czyraka - zakażenie gronkowcowc.
8b. Ziarniaki Gram-dodatnie i Gram-ujemne tlenów e/względnic beztlenowe Część praktyczna:
Kontynuacja ćwiczenia 8a. Odczytanie nastawionych poprzedniego dnia testów różnicujących i antybiogramów.
9a. Pałeczki Gram-ujemne i Gram-dodatnie tlenowe/ względnie beztlenowe
Pałeczki Gram-ujemne jelitowe (duże) względnie beztlenowe z rodziny Enterobacteriaceae: Escherichia coli. Salmonella, Shigella, Klebsiella, Enterobacter, Citrobacter, Serratia, Proteus, Morganella, Providencia, Yersinia).
Pałeczki oksydazo-dodatnie. fermentujące: Vibrio, Aeromonas, Plesiomonas, Campylobacter, Helicobacter..
Pałeczki Gram-ujemne niefermentujące niewybredne tlenowe: Pseudomonas, Stenotrophomonas, Burkholderia, Acinetobacter. Alcaligenes, Moraxella, Flavobacterium.
Kokopaleczki Gram-ujemne (ntale): Francisella, Pasteurella, Brucella, Bordetella, Gardnerella, Haemophilus, Legionella Występowanie, czynniki warunkujące chorobotwórczość, najczęstsze postacie kliniczne zakażeń, zasady diagnostyki zakażeń wywołanych przez Escherichia coli (szczepy ETEC, EPEC, EIEC, EHEC), Shigella (S. dysenteriae, S. flexneri, S. boydii. S. sonnei), Salmonella (serotypy S. typhi (D) - dur brzuszny, S. paratyphi (A B, C) - dury rzekome, salmonelozy - serotypy: S. enteritidis, S.
6